Année 2030, sur le port de Tokyo. Un groupe doté de l'« Ex-Arm » n°08, attaque la policière Minami Uezono et sa co-équipière androïde Alma, alors infiltrées dans la transaction de l'« Ex-Arm », arme inconnue. Jouant le tout pour le tout, nos deux compères vont-elles réussir à initialiser l'« Ex-Arm » n°00 qu'elles ont dérobé à leurs assaillants ?!

En 2014, le lycéen Akira Natsume est victime d'un accident de voiture et, lorsqu'il se réveille en 2030, il n'est plus qu'un «cerveau» blinde . On le surnomme «l'Ex-Arm n°00» et il s'avère être un hacker de haut niveau ! Mais il apprend qu'il est à l'origine de la destruction de Tokyo... Que va- t-il faire face a l'acte terroriste génère par une arme inconnue aussi appelée «l'Ex-Arm» ?!

En 2014, le lycéen Akira Natsume est victime d'un accident de voiture et, lorsqu'il se réveille en 2030, il n'est plus qu'un «cerveau» blindé. Ayant besoin de ses talents de hackeur hors pair en tant qu'«ex-arm n°00», «la section anti ex-arm» de la police - où travaillent Minami et Alma - fait appel à ses services. C'est alors qu'«une maison close de sexoïdes» est attaquée ! C'est le début d'une longue série de crimes impliquant des ex-arms !

Pour retrouver un corps et sa mémoire, Akira Natsume décide de collaborer avec la section anti ex-arm. C'est alors que pour élucider l'attaque d'une maison close de sexoïdes, il s'introduit dans la «ZS de Yokosuka». Mais Elmira, l'androïde qu'il y rencontre, utilise l'ex-arm de l'ancien dictateur Morau et essaye de s'enfuir avec un bipode ! La ZS n'est plus qu'un champ de bataille lorsque tout a coup, un nouveau «soldat» apparaît...

Après l'attaque d'une maison close de sexoïdes, Akira fusionne avec «l'ogre», un robot de combat de la police. Il réussit à battre Elmira en lui envoyant une bombe, mais pour cela, il a du pirater un satellite GPS du NORAD. Résultat, la communauté internationale met la pression à la section anti ex-arm pour avoir commis un acte illégal. Pour aider Akira à retrouver la mémoire, les membres de la section plongent dans son cerveau. Mais un imprévu survient...

En plongeant dans un fragment qu'Akira a oublie de son passe , la section anti ex-arm se retrouve nez a nez avec le « faux Akira » juste avant qu'il détruise To kyo dix ans auparavant. Mais a l'instar de l'ex-arm n 11 qui manipule la gravite , cet imposteur est entouré de mystère. Akira se de bat pour connaître la vérité et en résolvant une affaire relative à une civile holder avec Sôshi, il se rapproche petit a petit de son but. Mais une dangereuse invitation a une vente aux enchères d'ex-arms commence a circuler ?!

La section anti ex-arm escorte la Jinkokusha - une association politique - pour s'introduire dans la vente aux enchères d'ex-arms. L'organisateur annonce que trois ex-arms seront mises à la vente - dont la «n°11» qui a détruit Tôkyo autrefois - et que seules trois personnes pourront enchérir, amenant ce faisant les participants à s'éliminer les uns les autres. Minami bat le «holder» Dalio au black jack mais la Jinkokusha décide quand même de s'associer à la famille Falcone qui représente la mafia italienne. C'est alors qu'un tueur apparaît devant Dalio ?!

«La vente aux enchères d'ex-arms», qui mettra à la vente trois ex-arms dont la «n°11» qui a détruit Tokyo autrefois, vire en affrontement général entre les différentes organisations ! La Jinkokusha dont la protection est assure e par la section anti ex-arm se retrouve isolée. Tandis que le menu fretin se fait laminer, elle va se cacher pour échapper a ses poursuivants qui en ont après son argent. C'est alors qu'elle est brusquement attaque e par un mystérieux «homme masqué » ! Akira tente le tout pour le tout dans ce combat et lorsqu'il se réveille, il est dans un endroit inconnu. Devant lui se trouve l'homme qui détient la clé du mystère des enchères ?!

Tandis que la lutte entre les différentes organisations s'intensifie dans le cadre de la vente aux enchères, la section anti ex-arm est aux abois. En toile de fond, on est désormais fixés sur le passé d'Al Jarde et de Minami : leurs familles respectives ont été tuées. Tandis que cette dernière essaie d'arrêter le millionnaire arabe qui brûle de se venger, ce sont son frère Sôma - qui avait disparu étant enfant - et Alma - qui est tombée entre les mains du Faucon du de sert et dont l'IA a été remaniée - qui se mettent en travers de son chemin ! Toutes les organisations sachant désormais où se cache la Jinkokusha, Akira et les autres sont au pied du mur. C'est alors qu'apparaît...

La vente aux enchères d'ex-arms s'est transformée en death game mêlant envie de vengeance et désirs individuels. Leur planque ayant été divulguée, la Jinkokusha et la section anti ex-arm sont attaquées par plusieurs organisations et elles perdent l'avantage. Yggdrasill tire Akira et Minami d'un mauvais pas mais quand ils arrivent à la cachette, elle a été détruite et Midori et les autres ont disparu. Et tandis que les survivants - Al Jarde, la Hanoï firm et la Jinkokusha - s'apprêtent à livrer la dernière bataille, «un mystérieux adversaire» qui tourne en ridicule les combats occasionnés par la vente aux enchères intervient ?!

Tandis que la vente d'Ex-arm se rapproche, un mystérieux individu, se présentant sous le nom de « ß », entre sur scène en enlevant les membres du Jinkokusha ! Ce n'est autre que l'auteur des attentats des Jeux Olympiques !! Le Commissaire-Priseur, qui se préparait à la venue de « ß », enclenche le mode activation de l'Ex-arm no11. Ainsi, la bataille se présente sous la forme d'un violent affrontement entre le camp de « ß » et celui du Commissaire-Priseur !! Akira, plongé dans le monde virtuel, s'oppose à « ß » et parvient à détruire son programme de contrôle et sauve Midori. Cependant, l'officier qui escortait la demoiselle, Miyabe, a été touché par une attaque de « ß » ?!

Le Comité pour la reconstruction du Japon a pris la décision de se débarrasser de la Jinkokusha et de la section anti ex-arm, en envoyant des spider tanks de gros calibre ! Akira, Minami et les autres agissent dans le but de récupérer Alma, afin d'établir grâce à elle la connexion avec l'Ogre, leur seul atout de riposte. Au coeur de la bataille, Al Jarde, se trouvant lui aussi dans une situation critique, réussit à surmonter son désespoir en reconnaissant en Minami les traits de Kazuma, son meilleur ami par le passé. Il finit par être abattu en tentant de la protéger... Sôma, qui a assisté aux derniers instants de Jarde, voit son désir de vengeance renforcé. Il fusionne avec l'homme masqué afin d'attaquer Minami ! Mais c'est alors qu'intervient Alma, dont l'IA a été restaurée ?!

Ainsi ß, et Akira partagent tous deux la même nature : celle de l’ex-arm nº00 !! En plus d’être un hackeur de génie, ß est sur le point de prendre le contrôle des appareils et objets métalliques autour de lui, grâce à un mystérieux pouvoir… Cependant, il est écrasé par Akira, qui a fusionné avec l’Ogre. D’autre part, Alma se dresse contre Sôma, parti à la poursuite de Gahô Hayama. Le programme d’altération de sa mémoire l’a débarrassée de ses limiteurs : elle peut désormais utiliser son libre arbitre et choisir de tuer un être humain. À présent, ß lance l’assaut contre le Commissaire-Priseur, afin de récupérer l’ex-arm nº11…

Le commissaire-priseur était en réalité le clone de Shûichi, le frère d'Akira. Il détient l'arme No 11 convoitée par ß. Ce dernier s'empare de la ville en se transformant en géant et avale le commissaire-priseur. Mais il avait un dernier tour dans son sac et céda l'arme No 11 à Akira qui a pu détruire ß. C'est alors que les avions de chasse de l'armée américaine, parés à attaquer, se mettent à agir bizarrement... Enfin le dénouement final !