Joseph se rend au Japon pour retrouver son petit fils, Jotaro, qu'il n'a pas vu depuis des années. Ce dernier a développé d'étranges pouvoirs qu'il utilise pour se faire un nom chez les voyous. Joseph lui explique qu'il s'agit d'un Stand, une sorte de matérialisation de son esprit combatif, possédant des capacités propres à chacun. Après ces retrouvailles mouvementées, Joseph révèle à son petit fils que Dio, le terrible vampire qui s'était opposé à leur ancêtre, est toujours de ce monde et veut en découdre avec la lignée des Joestar...

Joseph, Jotaro et leurs compagnons partent en bateau vers l'Egypte. Commence alors une course contre la montre pour vaincre Dio qui, en plus de son nouveau pouvoir, a sous ses ordres toute une armée de soldats qui possèdent leurs propres Stands...

Afin de guérir sa mère Holly du stand toxique qui l'empoisonne petit à petit, Jotaro et ses compagnons se sont envolés pour l'Égypte à la poursuite de Dio. Mais celui-ci a lancé à leurs trousses de nombreux manieurs de Stand. Ainsi, le combat qui a fait rage à bord a fini par détruire le bateau qui les conduisait à Singapour. Heureusement, ils sont parvenus à échapper au désastre et à atteindre enfin leur destination en barque. Mais quelle surprise Dio leur réserve-t-il encore sur place ? 

Abdul s'est fait tuer et nos héros font face à des ennemis apparemment imbattables, Hol Horse, dont le Stand Emperor a la forme d'un pistolet et J. Geil, dont le Hanged Man hante les miroirs ! La mort se rapproche à chaque débris de verre, Polnareff et Kakyoin ont-ils une chance de s'en sortir vivants ?

Après s'être débarrassés de Wheel of fortune, Jotaro et sa bande atteignent une ville du Pakistan ou règne une ambiance étrange. Sans le savoir, ils viennent de tomber dans le piège d'Enya, la mère de J. Geil, et son stand « Justice » !

Le Stand Lovers a infiltré le système nerveux de Joseph. Jotaro se trouve ainsi soumis au chantage de Steely Dan, son manieur. Fort heureusement, Polnareff et Kakyoin ont un plan : Miniaturiser leurs propres Stand pour infiltrer le corps de Joseph, et se débarrasser de Lovers...

Kakyoin est toujours aux prise avec le Stand Death Thirteen, un adversaire redoutable qui l'attaque dans ses rêves. Comment prévenir ses camarades de cette menace quand lui-même ne se souvient plus de rien à son réveil... 

Après avoir échappé non sans difficulté au Stand High Priestress, Jotaro et ses compagnons arrivent enfin en Égypte... Mais c'est un vaste pays et atteindre la demeure de Dio ne sera pas chose aisée, car celui-ci continue d'envoyer des manieurs de Stands à leur rencontre !

Enfin en Égypte, Jotaro et ses compagnons ne sont pas au bout de leurs peines. Leurs adversaires continuent d'affluer sans leur laisser de répit ! Ils sont aux prises avec deux frères disposant de Stands aux pouvoirs très particuliers...

Après avoir accueilli un nouveau compagnon en la personne "The Fool" et, tout en repoussant les assauts répètés des manieurs de Stand envoyés par Dio, Jojo et sa bande sont enfin arrivés en Egypte... Présent, Le Caire, repaire de Dio, s'étend devant leurs yeux...

Malgré les assauts des manieurs de Stand envoyés par Dio, Jojo et sa bande sont enfin arrivés en Egypte. Alors que Kakyoin, dont les yeux blessés sont guéris, est de retour, Jojo et sa bande arrivent dans la résidence de Dio où les attend le petit frère de D'Arby...

C'est après de longues recherches pour découvrir la résidence de Dio, et finalement un coup du hasard, que, malgré les assauts des manieurs de Stand, Jojo et sa bande arrivent enfin en Égypte. Alors que Kakyoin, dont les yeux blessés sont guéris, est de retour, Jojo et sa bande débarquent chez Dio où les attend le petit frère de D'Arby...

Après avoir trouvé le repaire de Dio, Jojo et ses compagnons se retrouvent face à face avec le frère de D'Arby, autre amateur de paris en tout genre. Kakyoin accepte de mettre son âme en jeu lors d'une course de bolides futuristes sur console. Parviendra-t-il à déjouer les pièges de son adversaire, qui n'a encore jamais perdu ?

Jotaro Kujo, le petit-fils de Joseph, est lycéen et possède un don extra-sensoriel. Afin de sauver sa mère emprisonnée, et de vaincre Dio, personnification du mal, Jojo, Joseph et d'autres manieurs de Stand se sont envolés pour l'Égypte. Après avoir battu le frère D'arby aux jeux vidéo, au prix de leurs âmes, Jojo et ses compagnons avancent vers le fond de la résidence de Dio !

Premier arrivé jusqu'à Dio, Polnareff découvre avec effroi l'étendue des pouvoirs de son ennemi. Bien décidé à ne pas céder au charme du vampire, il tente de comprendre le secret de son Stand. De leur côté, Joseph, Jotaro et Kakyoin pénètrent dans l'enceinte et laissent entrer la lumière du soleil, gagnant un peu de répit. Mais la nuit tombe déjà. Comment nos héros survivrontils dans « le monde » de Dio ?

Le dernier round du combat de la famille Joestar contre Dio s'ouvre enfin. Au péril de leur vie, Joseph et Kakyoin ont réussi à deviner la nature du Stand de Dio : ce dernier est capable de manipuler le temps ! Mais seul Jotaro est encore en état de combattre. Un duel dantesque prend place dans les rues du Caire, où chacun devra dépasser ses limites et tromper la mort s'il veut espérer l'emporter.