Pour sa nouvelle série, le scénariste des Carnets de Cerise puise son inspiration dans le plus célèbre musée du monde. Il y développe un univers fantastique où les souris vénèrent et protègent l'héritage de l'humanité... Milo a grandi dans l'amour de l'Art et il ne manque jamais l'occasion de communiquer sa passion à ses camarades. Son dernier exposé traite de l'attitude du public du Louvre, le musée pour lequel sa maman travaille. Sur certaines photos qui l'illustrent, on peut apercevoir la silhouette d'une souris qui semble observer le jeune photographe. C'est Ésope, un souriceau promis à un incroyable destin...

Phémis, la doyenne souris, fait ses adieux à Henryk. En effet, depuis qu'il est à la retraite, il n'est plus autorisé à parcourir le musée du Louvre. Il faut tout de même penser à l'avenir de la collaboration entre les souris et les hommes et Milo fera un parfait gardien. Mais avant, Phémis doit régler certaines choses. Elle retourne dans l'aile Denon auprès des siens lorsqu'elle se fait arrêter pour traîtrise et est condamnée à la peine capitale...

Milo prend son rôle de gardien du cercle très au sérieux mais la crise provoquée par l'imprudence d'Esope en se montrant aux hommes est l'une des plus graves à laquelle les clans du Louvre ont été confrontés. Les risques d'une dératisation prochaine obligent le clan Marly à l'exode. Mais bien d'autres dangers attendent la petite communauté au moment de quitter leur abri...

Bastien, puni, doit passer une journée avec Milo au Musée, pour préparer un exposé... Pendant ce temps, Ésope et Isis, toujours en fuite, sont à la recherche du mystérieux Clan de la Couronne. Isis doit comprendre ce qui est arrivé à son père et prévenir Pharaon. Mais Ésope est recherché par l'armée grecque, et seul le cupide roi Darius semble pouvoir les aider...

Dans les tunnels secrets du métro, Isis découvre le clan des parias, des souris exclues du Louvre. Avec l'aide d'Antoinette, la doyenne des souris qui connaît tous les mystères du musée, elle va porter secours à Ésope qui a été capturé. Pendant ce temps, Milo, Victoire et Bastien s'introduisent dans le Louvre pour aider les souris à mettre un terme à la guerre lancée par Xanthos...