Frêle et timide lycéenne, Chise est amoureuse de Shuji. Rien de plus banal, sauf qu'une nouvelle guerre mondiale ébranle la planète. Le Japon est victime de sanglants raids aériens. Mais Chise n'est pas aussi fragile qu'elle n'y parait, en réalité, c'est une arme secrète, particulièrement meurtrière, oeuvrant pour le compte du gouvernement.

Chise, est toujours aussi maladroite et Shuji, toujours aussi peu délicat, et pourtant leur relation s'améliore. Jusqu'au jour où Shuji retrouve son premier amour Fuyumi. La fragile relation qu'il entretient avec Chise sera-telle la plus forte? D'autant que la jeune fille est souvent sollicitée par l'armée et que son pouvoir grandit de jour en jour ...

Alors que jusqu'à présent la ville de province où vivent les deux touteraux était peu visée par les bonbardements, l'école de Chise et Shuji est touchée. Indemne, Chise doit rejoindre le champ de bataille...

La guerre fait rage et la situation est de plus en plus dure pour les civils. Les restrictions commencent à se faire sentir, et de moins en moins d'étudiants viennent au lycée. C'est le cas de Chise, dont shuji n'a plus de nouvelles depuis leur séparation. L'armée accapare désormais copmplètement la jeune fille, qui se doit de se consacrer à son role d'arme ultime. Shuji de son coté tente de l'oublier, et voit de plus en plus son ami Atsushi. Ce dernier lui annonce alors qu'il a décidé de s'engager dans l'armée. Mais il va découvrir que la vie militaire est bien plus compliquée qu'il ne l'imaginait. Un jour, une attaque aérienne a lieu sur la ville.Elle est magistralement repoussée. Au milieu des décombres, Shuji revoit Chise...

Les hommes, mais aussi la planète, sont de plus en plus furieux. Alors que les soldats s'entretuent encore et encore, que les morts s'amoncèlent, les lycéens n'ont qu'un souhait: se retrouver autour d'un feux de joie, et faire au moins une dernière kermesse. La situation de chacun évolue beaucoup. Shûji mûrit sans rechigner, et essaie tant bien que mal à se comporter en homme pour protéger les siens. On devra malheureusement nous aussi apprendre à dire adieux à certains, en espérant que les jours suivants seront meilleurs. Chisé dépasse toute connaissance scientifique, et c'est alors qu'elle est comme livrée à elle-même. Détient-elle vraiment le destin de cette petite planète, et de tous ces habitants plus ou moins corrompus?

Chise et Shuji se sont enfuis. Maintenant qu'ils se sont enfin déclarer leur amour, ils désirent passer le plus de temps possible ensemble. Ils rejoignent une petite ville en bord de mer encore habitée et s'y installent. Chise travaillant comme serveuse dans un restaurant et Shuji comme manutentionnaire. Les jours passent et tout semble aller pour le mieux. Chise est devenue la coqueluche du restaurant malgré sa maladresse habituelle. Parallèlement l'armée est à leur recherche, et c'est Mr Kawahara qui est chargé de la faire revenir. Mais Chise compte bien profiter de son bonheur et jure que personne ne se mettra en travers de sa route. Hélas son état de santé s'aggrave, n'ayant plus les médicaments nécessaire à sa survie, elle ne peut plus contenir l'arme qui est en elle...

Depuis le bombardement de leur ville, Shuji et Chise subsistent seuls, comme ils le peuvent. Mais Chise est gravement "endommagée" et a perdu la parole, sans ses médicaments elle risque de mourir. Shuji n'a plus d'autre recours que de remettre sa petite amie aux mains des militaires. Pour lui le choc est terrible. Il repart seul, pour sa ville natale rebaptisée, la ville de "Chise", la légende dit, que c'est la "déesse" qui protège la ville. Pour les survivants, peu à peu la vie reprend son cour, en souvenir de Chise, Shuji retourne près de l'observatoire, le lieu de leur premier baiser...