Des pirates comme on en voit dans les livres et les films, ça existe vraiment ? La jeune Funako Yamato, championne d'arts martiaux et petite fille de pêcheur traditionnel, va le découvrir à ses dépens... Tout commence quand Katô, un étrange jeune homme qui se prétend marin pêcheur, vient s'installer chez les Yamato. Quelques temps après, d'étranges individus - des pirates vêtus comme des catcheurs - kidnappent Funako et elle se retrouve au beau milieu de l'océan sur un navire pourchassé par les gardes-côtes...

Funako, prisonnière des pirates sur leur bateau, parvient à s'isoler au sommet du mât. En voyant le bracelet que sa mère lui a donné tomber à l'eau, elle plonge pour le récupérer... L’issue semble inexorablement fatale... mais, elle remonte à la surface par miracle, forçant ainsi l'admiration des pirates. Ils lui permettent donc de rentrer chez elle. Katô surgit alors au lycée et lui apprend que le trésor qu'il cherche a une valeur de cent mille milliards de yens et qu'il se trouve sur une île inaccessible... sauf pour son grand-père qui a réussi à y aller et en revenir !

La veille de son anniversaire, Funako reçoit une lettre de son grand-père ! Celle-ci contient une énigme que la jeune fille parvient à résoudre avec l’aide de Katô et Kamobayashi. Ils découvrent ainsi un coffre dans une grotte, sous un rocher. Dans le coffre se trouvent divers objets, dont la fameuse carte au trésor ! Katô s’empresse de la voler et embarque à bord de son bateau, le Phantasmagoria…

Dans une grotte, Funako trouve son cadeau d’anniversaire : une caisse contenant divers outils de marin pêcheur, mais aussi une carte. La carte qui permet d’atteindre la banque des pirates ! Katô s’en empare et fait aussitôt route vers le canal de Panama à bord du Phantasmagoria. Funako prend la mer une semaine plus tard, au premier jour des vacances d’été, à bord d’un bateau à moteur rebaptisé Hôshimaru, avec un équipage composé de Kamobayashi, Tomé et Ushio le mécano...

L'aventure continue pour Funako et son équipage à bord du Hôshinmaru à la poursuite du trésor que les pirates convoitent... Mais tout au long des pages se profile l'ombre de Tobimuzuchi, le requin géant... Funako parviendra-t-elle à traverser la mer démoniaques aux maëlstroms mortels ? Alors que sur le navire pirate commence une mutinerie, quel rôle Tobimizuchi va-t-il jouer ?

Le Hôshinmaru, après bien des périls, entre enfin dans l'Océan Atlantique. Pendant ce temps, le Phantasmagoria est déjà dans la mer des tempêtes... Comme il approche de l'œil du cyclone, Katô est victime d'une mutinerie. Le Phantasmagoria est alors attaqué par un animal gigantesque, le requin géant, Tobimizuchi, le dragon volant !

Le Hôshinmaru, après bien des périls, entre enfin dans l'Océan Atlantique. Katô, trahi, est abandonné sur une épave, mais il est sauvé par Funako et ses amis. C’est ainsi qu’avec l’aide de Katô, nos protagonistes font route vers l’île qui, soudain, surgit devant eux !

Funako et ses amis abordent enfin la plage quand surgissent les pirates du Phantasmagoria ! Ils doivent les affronter avant d’atteindre la prochaine étape de la piste qui mène au trésor : la roche du crâne de cristal !

Katô, abandonné en mer par Suzuki, affronte avec détermination Tobimizuchi, le requin monstrueux. Il réussit à le piéger grâce à un ancien galion que le requin tire désormais derrière lui…  Sur l’île, Funako parvient à déjouer l’énigme et découvre un corridor secret. Aux prises avec les éclaireurs de Suzuki, elle doit également affronter un souffle puissant, venu des profondeurs, qui l’entraîne dans une cheminée avant de la projeter à l’extérieur. Quand elle aperçoit le requin et le galion, son sang se met à bouillir…

Le trésor a été trouvé, maintenant il faut le ramener...Malheureusement, Funako et les pirates ne peuvent en prendre qu'une partie à bord du Phantasmagoria… Ils sont bientôt pris en chasse par des garde-côtes, tandis qu'un inconnu fait exploser le bateau des pirates  !

Funako et ses amis sont accusés de pillage archéologique. Heureusement, ils sont rapidement rapatriés au Japon où l’événement fait la une de tous les médias, bien que l’anonymat des protagonistes – tous mineurs – ait été respecté. Dépités, les jeunes gens retrouvent leur ville natale où ils ont la surprise de découvrir le chaleureux accueil que leur ont réservé les pêcheurs du port !