Pyontarô est un collégien dont la petite sœur, Futaba, l’aime plus que tout. Un jour, lui et ses camarades surnommés les “small 3”, décident de jeter un œil à l’étrange disque reçu par leur professeur. Les garçons sont cependant loin de se douter que celui-ci est relié à un autre monde… et pendant qu’ils ont le dos tourné, voilà que Futaba se retrouve aspirée dans cette dimension parallèle ! Pyontarô et ses copains parviendront-ils à retrouver la petite fille ? Et quel est cet étrange univers dans lequel ils ont atterri ?!

Dans l’univers parallèle, Pyontarô et ses amis continuent de chercher un moyen de sauver Futaba de ses étranges kidnappeurs. Après avoir aidé des citoyens en ville, le trio est attaqué par un groupe d’aliens… Pyontarô dévoile alors une attaque de son propre cru ! Pendant ce temps, à bord du vaisseau extraterrestre, une escouade bien plus redoutable se lance à la recherche de Futaba qui est parvenue à s'échapper… Alors que l’oppression des aliens s’intensifie, une rencontre entre les Small 3 et un certain jeune homme va bouleverser le cours du destin !

Après une attaque-suicide des forces d'auto-défense contre les aliens dont Segami a été témoin, la mère de ce dernier lui fait part d'une triste nouvelle qui renforce sa détermination à combattre. Il rejoint alors "Rebellion" accompagné des Small 3 et décide de prendre part à la "mission Shibuya" menée par des troupes lourdement armées. Pendant ce temps, Futaba se réveille à bord du vaisseau ennemi et se retrouve encerclée par des soldats qui l'attaquent sans prévenir, l'obligeant à se battre contre la menace extraterrestre !

La mission à shibuya pour repousser les envahisseurs se transforme en bataille féroce ! Après avoir perdu de nombreux camarades, Segami et les autres membres de Rebellion décident d’utiliser leur arme secrète, le “Balez”, afin de tenir tête aux extraterrestres. Le combat semble alors peu à peu tourner en leur faveur... jusqu'à ce qu'une nouvelle menace apparaisse dans les rangs de l’ennemi ! Pendant ce temps, les Small 3 découvrent la situation sur internet. Face à tant de morts et de dévastation, ils sont contraints de faire un choix : continuer de chercher Futaba ou se rendre immédiatement à Shibuya !

Voyant les citoyens de shibuya en danger, les Small 3 volent à leur secours d’un seul bond ! les forces armées de rebellion qui se battaient en première ligne ont, elles, été pratiquement éradiquées par deux extraterrestres venus en renfort. Alors que Segami, le dernier membre encore debout, est sur le point de succomber, les Small 3 font leur entrée ! sous les yeux du reste des combattants, de Doc et de leurs amis, la bataille pour sauver Shibuya, le Japon, voire l'humanité tout entière, peut enfin reprendre !

Après avoir infiltré le vaisseau mère ennemi, Pyontarô retrouve enfin Futaba ! Le dernier obstacle à leur liberté, c’est le monstre mécanique appelé "Gravitex Gigant" ! Dans une démonstration de force écrasante, Pyontarô bat le robot, mais est projeté hors du vaisseau par le laser géant provenant du robuste tas de ferraille. Pendant ce temps, alors que le combat se conclut à Shibuya, l'un des extraterrestres qui a lutté contre l'empereur fait une "proposition" à Rebellion...