Les diclonius, sont des êtres dangereux créés par les humains, puis gardés dans un laboratoire de haute sécurité. Après un accident, Lucy, une diclonius, parvient à s'échapper en tuant toutes les personnes sur son chemin ! Blessée, elle est recueillie par Kouta, un jeune homme qui se promenait avec sa cousine. L'armée utilise tous les moyens possibles pour retrouver Lucy.

Défait par Nyu, puis infecté par son virus, Bandô se voit de surcroît infliger par Kurama l'ordre de se faire castrer. Cependant, le professeur Kakuzawa, spécialiste des Dicronius, lui propose un autre marché allant à l'encontre de la décision de sa hiérarchie pour éviter l'émasculation. Mais un jour, alors que Kôta et Yuka participent avec Nyu au cours dispensé par ce même Kakuzawa, ce dernier devine la véritable identité de la jeune Dicronius. Kakuzawa réussit à les amadouer pour les forcer à la lui confier. Mais alors que le professeur endort Nyu dans son bureau pour se reproduire avec elle, personne ne se doute du drame qui s'apprête à avoir lieu...

Après s'être remémoré ses souvenirs d'enfance, Nyu décide de s'éloigner de Kôta. Mais au contact de ce dernier, si gentil, elle change d'avis et retourne vivre à la villa Kaede. De son côté, Nana, dont le directeur du laboratoire Kakuzawa avait ordonné l'exécution, est sauvée in-extremis par Kurama, qui l'aide à s'échapper. Durant sa fuite, elle tombe nez-à-nez sur Bandô qui arrive à la convaincre de l'aider à retrouver Nyu, leur ennemie commune...

Alors que Mariko a été envoyée capturer Nyu, Kurama retrouve Nana en plein combat contre elle. Mais leurs retrouvailles sont de courte durée... Car ils sont désormais la cible d'un missile de type Harpoon. Kakuzawa, quant à lui, décide de sacrifier sa fille Anna dans l'espoir qu'elle prédise l'avenir. Son souhait bientôt exaucé, il ne lui reste plus qu'à exterminer Nyu, ses hommes de main partent finir le travail à sa place...

Bandô a enfin retrouvé Lucy, qu'il affronte aussitôt. L'ancien policier décide de se sacrifier pour sauver Mayu. Kôta, quant à lui, part à la recherche de Nyu. Il s'adresse alors à Arakawa, même s'il n'obtient finalement rien d'elle. La chercheuse, ayant flairé le potentiel bon coup, le suit à la trace dans l'espoir de découvrir où il habite... Mais le pire reste à venir, car Kakuzawa, le directeur du laboratoire, a fait fabriquer quatre copies de Mariko à partir des moelles épinières de Dicronius. Ces copies parfaites, obéissant à tout ordre donné par Nôsô, leur créateur, sont envoyées capturer Lucy...

L'attaque de Nôso et de ses Dicronius a été une réussite, Lucy est désormais détenue par le directeur du laboratoire. Mais quand vient le moment de lui proposer de rejoindre son camp, le directeur lui dévoile une information des plus stupéfiantes... De son côté, Arakawa tente de sortir de son laboratoire au bord de l'effondrement. De son côté, Arakawa, détentrice de la clef de sauvetage de l'humanité, tente de sortir de son laboratoire au bord de l'effondrement. Tout devient incertain lorsqu'une nuée de Dicronius enragés s'échappe de la prison !