Au jardin botanique, Sakura et  Shaolan  croisent  Akiho  et  Kaito, puis  Tôya  qui travaille là-bas. Alors qu'Akiho  s'adresse au frère de Sakura, celle-ci ressent comme un malaise… Puis  Tôya  prend  Kaito  à part et le somme de ne plus faire de mal à ses proches,  faute de quoi il devrait subir ses sanctions. 

Sakura sait désormais que Kaito est un magicien ! Malgré le sort qu'il a lancé pour  remonter  le temps, elle n'a pas perdu tous ses souvenirs de l'affrontement  contre lui. Elle partage sa découverte  avec Shaolan, qui l'incite à aborder le sujet avec Akiho. Mais Sakura refuse d'impliquer son amie alors qu'elle n'est peut-être au courant de rien… 

Quand Sakura lit la pièce de théâtre écrite par son amie Naoko, elle est étonnée de constater à quel point l'histoire correspond à ce qu'elle vit actuellement. Elle décide d'accepter de jouer l'un des deux rôles principaux malgré tout. Mais Akiho va-t-elle accepter le second ? 

Sakura et Akiho ont accepté de jouer les rôles des deux Alice dans la pièce de théâtre écrite par Naoko. Dans cette pièce, il est question de rêve, de magie et de sorts qui arrêtent le temps… ce qui ressemble fortement à la réalité de Sakura !

Naoko avance toujours dans l'écriture de sa pièce de théâtre et demande à Shaolan d'interpréter le rôle du chat. Réticent au début, celui-ci finit par accepter. Quant à Sakura et Akiho, elles en sont déjà aux essayages des costumes confectionnés par Tomoyo.

Sakura et Akiho vont interpréter les deux rôles principaux dans la pièce de théâtre qui sera jouée pour l'échange culturel du collège Tomoeda. Mais de quoi parle exactement "Les deux Alice", la pièce écrite par Naoko ? De leur côté, Kélo et Spi sont en train d'étudier les mystères de l'ouvrage "Alice au pays de l'horloge", quand soudain arrive Momo, la gardienne du livre…

Chacune de leur côté, Sakura et Akiho veillent tard pour préparer leurs rôles dans la pièce de théâtre "Les deux Alice" qu'elles joueront pendant l'échange culturel du collège Tomoeda. Tandis que Fujitaka vient voir si sa fille n'a besoin de rien, Kaito veille lui aussi sur Akiho à sa façon.

Le passé commun de Kaito et de la maman d'Akiho, Lillie, a enfin été révélé. Cette dernière possédait un don de rêve prémonitoire. Mais quel avenir avait-elle vu en rêve ? Akiho a été changée en "artefact vivant" par son clan et la confrérie des magiciens, et Kaito se sent responsable de cet évènement…

Akiho a été changée en "artefact vivant" par son clan et la confrérie des magiciens, et Kaito se sent responsable de cet événement. L'échange culturel du collège Tomoeda aura enfin lieu la semaine prochaine ! Sakura et Akiho vont interpréter les rôles titres de la pièce "Les deux Alice". Mais la carte Mirror présente une anomalie…

Shaolan a finalement accepté d'interpréter le rôle du chat dans la pièce de théâtre jouée par Sakura et Akiho au collège Tomoeda. De cette façon, il pourra veiller sur Sakura si jamais il se passe quoi que ce soit. Et justement, il va devoir intervenir encore plus tôt que prévu…

Shaolan a suivi Sakura et Akiho au pays de l'horloge. Telle Alice, dont elle interprète le rôle, Sakura va croiser dans ce monde des individus aux propos mystérieux. Mais où est passée Akiho ? Shaolan va-t-il réussir à les rejoindre ?

Shaolan pensait avoir rejoint Sakura au pays de l'horloge, mais ce n'était que la carte Mirror qui avait pris son apparence ! De son côté, Sakura est guidé par un chat mystérieux qui se présente sous les traits de Shaolan. Dans la réalité, Eriol et la mère de Shaolan échangent à propos des évènements qui sont en train de se passer…

Shaolan et Mirror décident d'aller retrouver Sakura. Celle-ci, à l'autre bout du monde magique, a été guidée jusqu'à la reine rouge par le mystérieux chat. En voyant la reine, Sakura est sur le point de se rappeler qu'il s'agit d'Akiho, mais son esprit se brouille aussitôt. La reine rouge la conduit alors vers le jardin botanique où sont rassemblés tous les souvenirs.

Au pays de l'horloge, dans le monde du livre, Sakura et Akiho ont oublié qui elles étaient. Alors qu'Alice et la reine rouge naviguent dans une immense bibliothèque, elles évoquent l'importance des livres qui sont la mémoire des individus.

Dans le monde du livre, Kaito avait pris l'apparence de Shaolan mais celui-ci dissipe l'illusion et affronte le magicien. Sakura tente de s'échapper de cette dimension parallèle, mais elle va bientôt découvrir que tout n'est qu'un rêve.

Dans le monde du livre, Kaito avait pris l'apparence de Shaolan mais celui-ci dissipe l'illusion et affronte le magicien. Sakura tente de s'échapper de cette dimension parallèle, mais elle va bientôt découvrir que tout n'est qu'un rêve.

Sakura va passer en 4e au collège Tomoeda. Mais ce n'est pas le plus grand changement dans sa vie : depuis qu'elles sont revenues du pays de l'horloge, Akiho est devenue sa sœur jumelle ! Leurs souvenirs ont été modifiés pour leur faire croire qu'Akiho vivait avec leur arrière-grand-père jusqu'à présent. Sakura se prépare donc à se forger plein de beaux souvenirs avec sa sœur.

Lillie, la maman d'Akiho, a traversé le temps pour s'adresser à Sakura en rêve. Elle veut la prévenir que Kaito a réécrit une partie de ses souvenirs, pour que la situation puisse se rétablir…

En rentrant chez elle, Sakura discute avec Akiho, sa "sœur jumelle", et lui fait remarquer que malgré leurs ressemblances, elles sont deux êtres différents. Sakura décide alors de tout révéler à Akiho au sujet de ses pouvoirs magiques…

Réunion extraordinaire chez Yukito ! Sakura a rassemblé tous ceux qui sont au courant de ses pouvoirs magiques pour leur confier les révélations de Lillie et Momo. À présent que tout le monde sait que le monde a été réécrit, il est temps de partir à la recherche de celui qui n'existe plus, la personne la plus chère pour Akiho…