Lorsqu'il était enfant, Murakami passait son temps avec une fille nommée Kuroneko. Celle-ci croyait en l'existence des aliens et un jour, elle décida de le lui prouver. Mais un accident arriva : Murakami est grièvement blessé et Kuroneko meurt. Les années passent, sans que Murakami ne puisse oublier son amie et continue de chercher des preuves quant à l'existence des aliens. Un jour, une jeune fille nommée Kuroha Neko fait son apparition en tant que nouvelle élève dans sa classe. Pensant son amie vivante, il la questionne, mais malgré leur troublante ressemblance, il s'avère que la jeune fille ne connaît pas Murakami. Seulement, elle lui révèle qu'un accident le concernant va bientôt avoir lieu... 

Murakami et Kuroha affrontent Saori dans l'usine où il fabrique la fameuse pillule quotidienne qui les maintient en vie. Grâce à une ruse, Murakami va obliger Saori à remonter le temps d'une minute et ainsi réussira à la pièger. Mais en faisant cela, il va attirer l'attention des créateurs des sorcières qui va très rapidement envoyer une autre double.

Murakami et son groupe affronte une sorcière capable de raser une montagne. Ils s'en sortent de justesse et sauve une nouvelle jeune fille. Maintenant ils se retrouvent avec quatre sorcières sur les bras. Son oncle laborantin lui explique que la pilule de vie est presque impossible à reproduire. Il va s'y intéresser de trop près et attirer l'attention de personnes très dangereuses. 

La plupart des garçons sont jaloux de Murakami qui a maintenant toutes les filles du groupe autour de lui. Il explique aux filles que son oncle chimiste exige de les rencontrer avant de fabriquer la pilule dont elles ont besoin pour survivre. Quand à Numéro 1107 elle sera surprise par le côté protecteur de Murakami envers ces amies et remettra alors en cause sa mission. 

« Un jour peut-être, tu m'oublieras moi aussi. » Ryota, à qui Nanami a clairement dit que Vingulf était leur ennemi, a encore plus envie de protéger Neko et les autres. De son côté, Yuki Tsuchiya, nouvelle recrue de Vingulf, assiste dès son premier jour à un spectacle inimaginable ! Le mystère du Centre s'éclaircit peu à peu mais une nouvelle tueuse apparaît.

« Finalement, je dois me sauver la vie toute seule. » Mizuka, la magicienne, a le pouvoir d'intervenir sur l'avenir qu'elle voit en rêve. Tandis que de leur côté, Ryota et les autres élaborent un plan pour éviter que Kazumi ne soit tuée, Mizuka apparaît devant elle pour que ses visions deviennent réalité. Lorsque Mizuka lui explique comment elle peut échapper à la mort, Kazumi ne sait quelle décision prendre.

« Ça ne marche qu'avec les humains ? » Pour récupérer Kotori, Ichijiku libère la sorcière Valkyria. Mais la plus cruelle magicienne aux huit pouvoirs, tue les sept personnes censées la surveiller et s'enfuit ! Elle s'en prend alors à Neko et les hommes qui l'accompagnent avant que le groupe ait le temps de s'enfuir. C'est alors qu'une nouvelle magicienne apparaît. 

« Je. vais mourir. sans avoir pu les sauver ? » Ichijiku, le directeur du Centre, a révélé le secret des magiciennes et veut désormais tuer tout le monde, à l'exception de Kotori et de Neko. Neko qui d'ailleurs présente les mêmes grains de beauté que ceux de Kuroneko sur la poitrine. C'est pourquoi lorsque Valkyria s'en prend à elle, Ichijiku s'interpose !

Dans sa vision, Kana voit mourir tous ses amis. Pour récupérer Kotori enlevée par Ichijiku, Neko, Kazumi et Hatsuna se rendent chez lui. Là-bas, il mène des expériences horribles sur des jeunes filles. Mais quel est donc le but de celui qui a trahi Takachiho ? Et qu'arrivera-t-il à Neko et à ses camarades qui se retrouvent face à Valkyria ?!

Après l'affrontement contre Valkyria, tous les environs ont été réduits en cendres par l'antimatière. De son côté, Ryôta, désireux de protéger Neko, décide d'attaquer au couteau la dernière hybride. Il met au point un plan pour déjouer la vision de Kana dans laquelle elle voit mourir tous leurs camarades. Ryôta n'a pas le droit à l'erreur ! De cet affrontement dépend leur avenir.

Le plan de Ryota pour déjouer la vision de Kana a réussi et permet au groupe d'avoir un peu de répit. Un mois s'est écoulé depuis l'attaque de Valkyria qui a réduit en cendres les environs. Mais une nouvelle recrue débarque à Vingulf ! Kana et Kitsuka ont eux fini par nouer des liens d'amitié, mais ce temps de repos va s'achever avec l'arrivée d'une menace inattendue.

Lorsqu'il était enfant, Murakami passait son temps avec une fille nommée Kuroneko. Celle-ci croyait en l'existence des aliens et un jour, elle décida de lui prouver. Mais un accident survint : Murakami est grièvement blessé et Kuroneko décède. Les années passent, sans que Murakami ne puisse oublier son amie. C'est pourquoi, il continue de chercher des preuves quant à l'existence des aliens.

Lorsqu'il était enfant, Murakami passait son temps avec une fille nommée Kuroneko. Celle-ci croyait en l'existence des aliens et un jour, elle décida de lui prouver. Mais un accident survint : Murakami est grièvement blessé et Kuroneko décède. Les années passent, sans que Murakami ne puisse oublier son amie. C'est pourquoi, il continue de chercher des preuves quant à l'existence des aliens.

Lorsqu'il était enfant, Murakami passait son temps avec une fille nommé Kuroneko. Celle-ci croyait en l'existence des aliens et un jour, elle décida de le lui prouver. Mais un accident arriva : Murakami est grièvement blessé et Kuroneko meurt. Les années passent, sans que Murakami ne puisse oublier son amie et continue de chercher des preuves quant à l'existence des aliens.

Tandis que la graine semée par Kogoro s'apprête provoquer à nouveau le chaos, Kana et Mina se sont enfin retrouvées. Interrogée sur leurs liens, quel sera la réponse de Kana ? Pendant ce temps, les magiciennes, elles profitent du quotidien en partant en voyage scolaire grâce "au sacrifice" de Hatsuna.

Alors qu'il s'apprêtait à déclarer publiquement l'existence des extraterrestres, le président des Etats-Unis est tué dans l'explosion de la Maison-Blanche. Tandis que le monde cède à la panique, Makina - le sorcerian le plus fort de l'histoire - apparaît devant Murakami et les autres et il enlève Neko par la force. Ses amis sont alors obligés de faire un choix !

Murakami trouve Vingulf pour sauver Neko qui a été enlevée par Makina. Mais il est enlevé à son tour sans avoir le temps de tout dire aux autres. Dans les profondeurs du Centre, Murakami rencontre enfin un extraterrestre. Et le voile est finalement levé sur le but de Vingulf et sur les origines de Ryota.

Loki, l'abominable géant dévoreur de dieux, a été ressuscité. Tout est fini ? C'est à ce moment précis, alors que Murakami et les autres sont en proie au désespoir, qu'une personne inattendue fait son apparition. Le récit atteint son apogée !