Depuis 3 ans, le ciel de Tokyo est recouvert par un gigantesque vaisseau spatial extra-terrestre. Pourtant, aucune attaque de la part des extra-terrestres n'est recensée bien que les humains abattent, avec une facilité déconcertante, les petits vaisseaux qui sortent de temps en temps du ventre de l'immense engin... Pendant ce temps, sur Terre, les deux amies Kadode et Ôran, comme la majorité des humains, ne prêtent plus attention à ce vaisseau et continuent à vivre leur vie. Mais ces 3 années de paix ont endormi la vigilance de l'Humanité... Elle ne remarque pas que « l'envahisseur » s'est infiltré au sein de sa population. Et il pourrait bientôt troubler leur paisible quotidien !

Le vaisseau mère des envahisseurs, apparu il y a trois ans, flotte toujours au-dessus de Tokyo. La société semble divisée sur le sujet : certains sont terrorisés tandis que d'autres en font abstraction en toute insouciance. Pourtant, en coulisses, une firme développe des armes «anti-envahisseurs». Et que penser de ce mystérieux garçon qui parle la langue des extraterrestres...? Pendant ce temps, Kadode et Ôran poursuivent leur chemin tout en traversant l'hiver de leur dernière année de lycée.

Sous le vaisseau mère des envahisseurs, flottant dans le ciel depuis trois ans déjà, Kadode et Ôtan terminent leur dernière année de lycée. Mais le crash d’un appareil sur le quartier de Kichijôji pourrait mettre fin à ce paisible quotidien… Etudes, amour, rêves d’avenir… Dans un monde en plein bouleversement, les jeunes filles s’apprêtent à franchir une nouvelle étape dans leur vie.

Il y a ceux qui détestent les envahisseurs, ceux qui veulent les défendre, ceux qui cherchent à en tirer profit, ceux qui les éliminent pour vivre et ceux qui cherchent à savoir qui ils sont vraiment. Dans le ciel, la gigantesque forme de désespoir qui plane au-dessus de la population connaît quelques évolutions probablement annonciatrices du « grand jour »...

Depuis 3 ans, le ciel de Tokyo est recouvert par un gigantesque vaisseau spatial extra-terrestre. Pourtant, aucune attaque de la part des extra-terrestres n’est recensée bien que les humains abattent, avec une facilité déconcertante, les petits vaisseaux qui sortent de temps en temps du ventre de l’immense engin… Pendant ce temps, sur Terre, les deux amies Kadode et Ôran, comme la majorité des humains, ne prêtent plus attention à ce vaisseau et continuent à vivre leur vie. Mais ces 3 années de paix ont endormi la vigilance de l’Humanité… Elle ne remarque pas que « l’envahisseur » s’est infiltré au sein de sa population. Et il pourrait bientôt troubler leur paisible quotidien !

Alors que les critiques venant des États-Unis se font de plus en plus virulentes, le Japon poursuit sa collaboration avec la société S.E.S. C'est maintenant l'été. Ôran, très tourmentée, part en camp d'été avec les membres du club de recherches occultes de l'université. Ensemble, ils tentent de résoudre une mystérieuse affaire qui s'est produite il y a huit ans. Ôran et Ôba font alors une étrange découverte...

Makoto vient d'apprendre la troublante vérité de la bouche d'Oba : Ôran est une voyageuse temporelle qui vient d'un monde parallèle ! Grâce à un appareil d'Oba, ils partent en voyage dans les souvenirs d'Ôran. Huit and plus tôt, Kadode et Ôran sont en quatrième année d'école primaire, bien différentes de celles que l'on connaît. Alors qu'elles participent à un stage d'été, elles rencontrent par hasard un éclaireur "envahisseur"...

Ôran s'est avérée être une voyageuse du temps venue d'un monde parallèle. Ôba et Makoto plongent dans ses souvenirs. Huit ans plus tôt, Ôran et Kadode ont rencontré un « envahisseur ». Kadode s'est alors mise à utiliser ses pouvoirs pour jouer les justiciers de proximité. Mais rapidement, ses actes dépassent le cadre de la normalité, et cela va conduire à une tragédie... La triste vérité va-t-elle être dévoilée ?!

Ôran est une voyageuse intertemporelle venue d'un univers parallèle pour sauver Kadode. Makoto et Ôba ont découvert son secret. Leur quotidien prend un tournant décisif et irréversible. Alors qu'une partie du vaisseau mère se décroche et tombe sur Terre, l'État plonge la population dans le chaos. Le compte à rebours avant la fin de l'humanité approche de son terme et le destin de nos héroïnes vacille.

Ce jour-là, l'humanité a pris fin. « Tu peux te mettre à dos le monde entier, moi, je serai toujours de ton côté. » La Nation vacille, la Nation complote. Puis vient le tant redouté jour de la fin du monde. Prises entre l'amour et le monde, les filles, elles, vont...

Nobuo Koyama, le père de Kadode, a été parasité par un envahisseur durant huit années. Il se réveille soudainement dans un sous-terrain, accompagné par deux jeunes filles qui lui apprennent que le monde qu'il a connu a disparu. Persuadé que sa famille a survécu à la chute du vaisseau, il décide de partir pour Tokyo, ignorant que la fin est peut-être proche...