Kazunobu Harumoto est un sous-fifre d'un gang de yakuzas. Un jour, leur bureau est attaqué et seuls lui et la jeune fille du chef de clan, Mutsumi, survivent. Après avoir été placés en garde à vue, la police les emmène se cacher au temple Zenjouji, un célèbre temple zen dont l'histoire remonte à plus de 700 ans. Commence alors pour eux une vie rythmée par la discipline de la voie du zen, faite d'entraînements surhumains. Le sort réservé par les yakuzas n'aurait-il pas été plus clément ?

Impliqué malgré lui dans une affaire de meurtre et recherché par un redoutable tueur à gages, le jeune Kazunobu Harumoto a été contraint de devenir moine au prestigieux temple Zenshôji afin d'assurer sa sécurité. S'habituant tant bien que mal à la vie au monastère, il tisse ses premiers liens avec ses nouveaux camarades. Mais la distance qui le sépare d'eux commence à se faire sentir...

Affecté depuis peu avec ses camarades au « tenzo », à savoir le service dédié à tout ce qui a trait à l'alimentation des moines au temple, Kazunobu « Isshin-kun » réalise peu à peu, bien que dans la douleur, que tout est relié dans ce grand tout qu'est le monde, et que des souvenirs depuis longtemps oubliés doivent resurgir pour qu'il puisse se pardonner. Cependant, un inquiétant nouveau moine cachant un tatouage à son bras droit fait son apparition. Se pourrait-il qu'il s'agît de l'homme au mille-pattes, qui l'aurait retrouvé ?