Il y a bien longtemps, l’ange Alexiel mena une révolte contre Dieu qui échoua. Sa punition : la réincarnation éternelle en des vies humaines proies à des tourmentes aussi bien physiques qu’émotionnelles... Des milliers d’années plus tard, elle se réincarne en Setsuna Mudô, un jeune garçon japonais. Mais la malédiction sévit toujours : il est amoureux de sa soeur Sara et transgresse ainsi les lois de cet amour interdit. C’est alors que l’ange Rosiel, frère jumeau d’Alexiel et ennemi juré de celle-ci, est libéré. Il souhaite à tout prix retrouver sa soeur prisonnière du corps de Setsuna pour poursuivre leur affrontement, quitte à provoquer l’effondrement du monde...

Alors que Sara s’est résignée à suivre sa mère en Angleterre, Setsuna décide d’avouer ses sentiments à sa sœur pour la retenir. Mais les deux amants interdits n’auront pas le temps de savourer leur idylle, car ils apprennent que Kira s’est livré à la police pour le meurtre de Katô, à la place de Setsuna. Pendant ce temps, anges et démons continuent leurs luttes de pouvoir et mettent en péril le destin du monde…