Le Japon regorge de mystérieux monstres appelés Ayakashi. Pour les exorciser et contrer la menace une organisation ninja s'est formée. Matsuri est un jeune ninja exorciste qui affronte régulièrement ces créatures et protège son amie d'enfance Suzu, qui possède elle aussi la capacité de les voir. Mais lorsqu'elle s'attache à un chat Ayakashi nommé Shirogane, les choses basculent.

Alors que Suzu Kanade fait irruption dans la chambre de MATSURI KAZAMAKI, celle-ci s'approche dangereusement de lui et… lui vole un baiser ! Mais aussitôt apparue, aussitôt disparue, son amie d'enfance s'est volatilisée. Il semblerait qu'un Ayakashi métamorphe ait fait une mauvaise blague… D'ordinaire, ce sont des créatures plutôt inoffensives, mais Suzu, sans doute piégée par son don particulier, se met à partager les sensations de ce démon.

Un mystérieux lycéen fait la connaissance de Suzu et lui demande aussitôt de le suivre. MATSURI, qui tente de se précipiter à leur rencontre, en est empêché par Yayoi et Lucie. L'inconnu finit par avouer qu'il a besoin des pouvoirs de la jeune fille pour soigner un Ayakashi blessé... Mais au moment où elle accepte de l'aider, une chose inattendue se produit !

MATSURI et Suzu, chargés d'enquêter sur les Ayakashi, se retrouvent contraints d'entrer dans une maison abandonnée. Une fois sur le pas de la porte, Shirogane en est subitement expulsé ! Cela ne peut être qu'un mauvais tour d'un Ayakashi… Nos deux héros, quant à eux, sont victimes d'une hallucination idyllique. C'est alors que quelqu'un se matérialise sous les yeux du ninja exorciste…

Réo a réussi à se faire transférer dans le lycée de MATSURI. Son inquiétude envers son ami aura eu raison d'elle ! Alors que tout le monde pensait qu'elle voulait simplement aider Matsuri, ils découvrent avec stupeur que Sôga et elle se connaissent depuis longtemps ! Sur ces entrefaites, un nouvel Ayakashi apparaît... C'est sous les traits d'une jeune fille russe prénommée Latchika que ce farceur provoque sans arrêt Matsuri et Suzu. Mais quelles sont donc ses véritables intentions ?!

Une canicule d'une rare intensité s'abat subitement sur la ville, rendant fous tous ses habitants, à commencer par Suzu ! Les visages rougeauds, les coups de soleil brûlant chaque partie du corps, les gouttes de sueur qui n'en finissent plus de couler... Tout cela, à cause de cette terrible chaleur, quel enfer ! MATSURI ne sait plus où donner de la tête lorsque Suzu se met à se comporter bizarrement. Les esprits s'échauffent chez nos deux héros... Mais que vont-ils bien pouvoir faire ?!

MATSURI et Suzu ont sauvé Yayo des griffes du démon étrangleur Kubire. Maintenant capable de voir les Ayakashi, la jeune fille découvre les missions de nos deux héros en tant que ninja exorciste et "vierge" au service des Ayakashi. Toutefois, Matsuri ne révèle pas qu'il est en réalité un garçon, de peur d'effrayer la demoiselle et d'être rejeté. C'est le moment que Suzu choisit pour proposer au jeune homme de passer la nuit chez elle…

"Méta-Mei , une anthropomorphe qui souhaite anéantir l'espèce humaine entière, vient d'apparaître. Suzu tient à se montrer digne du titre de vierge des Ayakashi et, pour ce faire, décide de se battre aux côtés de MATSURI. Malheureusement, les pouvoirs de ce dernier ont été scellés par Garaku, qui vient de trahir ses amis. Qui sera capable de les sortir de cette impasse ?