La sphère noire est arrivée sur Terre... Mais sa présence, qui a tout d'un avertissement, ne semble pas avoir inquiété l'humanité. Alors que les Sylvrides s'apprêtent à attaquer la Terre, un seul homme et son équipage peuvent encore sauver la planète du désastre.

Il revient...! Plus que jamais décidé à combattre les Sylvidres, Tadashi Daiba rejoint l'équipage de l'Arcadia. Au cours des nombreuses batailles qui l'attendent, il va apprendre à devenir un homme, un vrai !

Afin d'enquêter sur la source d'un étrange phénomène, Albator et Tadashi Daiba se rendent sur Terre, dans les Bermudes, et pénètrent dans une mystérieuse pyramide sous-marine. Ils vont alors découvrir qu'une Sylvidre repose à l'intérieur de celle-ci. Les Sylvidres seraient-elles déjà sur la Terre depuis la nuit des temps ? Cette fois, le combat entre Albator et les Sylvidres va enfin commencer pour de bon !

Alors qu’un peuple de guerrières extra-terrestre qui ont perdu leur planète d’origine, les Sylvrides, complotent l’invasion de la Terre et l’anéantissement de l’Humanité, les terriens vivent dans l’opulence, noyés dans l’inconscience et la futilité, aveugle aux véritables menaces qui les guettent. Car quelques mois avant le début de l’histoire, une mystérieuse sphère noire, couvertes de glyphes, s’est écrasée sur Terre. Un signe évident, qui reste pourtant invisible à la population. Les hommes et femmes valeureux sont tous partis dans l’espace pour tenter de couper l’herbe sous les pieds des potentiels envahisseurs. Mais aucun d’eux n’a vu venir les Sylvrides et à présent, la Terre se retrouve sans défense…ou presque.

Il revient ! A bord de l'Arcadia, le chef mécanicien Maji se retrouve face à Zoll, guerrier tokarguien envoyé par les Sylvidres et qui s'est introduit dans le vaisseau ! Alors qu'un violent combat éclate, l'Arcadia se retrouve soudainement prisonnier de l'attraction de la planète Derazer située dans les Sargasses de l'univers. Mais, fort heureusement, Queen Emeraldas n'est pas loin.

Alors que Tadashi Daiba poursuit ses recherches pour percer le secret des Sylvidres, il parvient enfin jusqu'à leur base et décide de s'y infiltrer avec Mayu Ôyama et Zéro.Mais que va-t-il y trouver ?! Pendant ce temps, Jojibel, l'ange gardien des Sylvidres, s'apprête à lancer l'assaut final sur l'Arcadia !! Comment Albator va-t-il l'accueillir ?! Code

Albator part à l'assaut du vaisseau de Jojibel. Après un furieux échange de coups de canons, quelque chose semble changer au fond du coeur de Jojibel. Pendant ce temps, sur Terre, Tadashi Daiba et ses compagnons, à la recherche du secret des Sylvidres, se retrouvent mêlés à une guerre civile. Alors que Tadashi sauve Mayu qui a été faite prisonnière, il fait face à une situation inattendue...!

Tadashi Daiba, qui continue son combat sur Terre où la situation devient de plus en plus critique, va devoir prendre une difficile décision. Pendant ce temps, avant l'affrontement final contre les Sylvidres, Albator se rend sur la planète Heavy Melder qui lui rappelle de nombreux souvenirs de son défunt ami. C'est alors que de mystérieux personnages vont se montrer devant l'équipage de l'Arcadia venu faire le plein d'énergie dans une taverne...!

L'Arcadia est encerclé par l'armada des Sylvidres. Cette fois-ci, les pirates de l'espace vont devoir montrer comment ils se battent ! Sous les ordres d'Albator, tout l'équipage va s'unir pour la bataille finale. L'heure est venue de l'ultime affrontement d'Albator et de la reine Sylvidra !