Six ans après la victoire de Ginta sur l'Échiquier, Mär Heaven est à nouveau menacé. Le jeune Kai ; grand fan de Ginta, et Babbo vont devoir se montrer à la hauteur ! !

Sur le point de récupérer la pierre magique qui renferme la mémoire de Babbo, Kaï, Élisa, Ingah et Nanashi sont attaqués par les sbires d'Atmos !! Kaï parvient malgré tout à s'emparer de la perle, mais surprise, ce n'est pas la mémoire de Baboo qui y est enfermée !! Au lieu de cela, nos amis apprennent qu'il existe un Ärm Omega capable de détruire les malefacts !! Parviendront-ils à activer le système Omega ?!

Kaï remporte son combat contre Gerda mais la victoire est amère ! Elisa, Ingah et Kaï accompagnés de Babbo quittent Paradis et rejoignent par mer l'île aux sirènes à la recherche d'une nouvelle pierre magique. Les ennemis ne tardent pas à se manifester, et Kaï se trouve face à une vieille connaissance... Mais ce ne sont pas la fin des ennuis car une sirène et son animal domestique assez énervé s'en mêlent... La bataille s'annonce rude !

Kaï et ses compagnons sont parvenus à sauver leur ville, mais la menace que fait planer Unwetter sur le monde de Mär Heaven se fait toujours plus pressante ! C'est le destin de Mär Heaven tout entier qui est entre les mains de nos jeunes héros ! Voici le dénouement de la deuxième saga de Mär !