La vie d'Ageha, lycéen, bascule le jour où il trouve une carte de téléphone « Psyren » ! Les détenteurs de cette carte sont propulsés dans un monde parallèle peuplé de monstres féroces. Ageha et ses amis vont devoir maîtriser leurs pouvoirs surnaturels pour espérer percer le mystère de Psyren !!

De retour sur terre, Sakurako est mal en point. Ageha voudrait l'emmener à l'hôpital mais le professeur Matsuri, une étrange jeune femme, s'interpose et emmène Sakurako avec elle, pour la soigner. Elle conseille à Ageha de se préparer pour leur prochain voyage. Tant que leur carte aura du crédit d'appel, ils seront appelés sur Psyren. Le professeur Matsuri semble en savoir beaucoup. Elle prévient aussi les nouveaux visiteurs de Psyren qu'ils passeront une mauvaise nuit : leurs pouvoirs vont se réveiller...

À peine arrivés dans le monde de Psyren, Ageha et ses amis sont pourchassés par un énorme ver et par un homme muni d'une bien étrange arme ! En outre, Oboro et Kabuto sont, à leur tour, victimes de maux de tête et de saignements de nez...

Suite à leur deuxième aventure à Psyren, Ageha et ses compagnons ressentent plus que jamais leur impuissance. Nos amis essaient de profiter du temps dont ils disposent pour développer et maîtriser le pouvoir de l’éveil, mais pour Ageha, la situation est plus délicate. Il doit aussi s’entraîner à contrôler la sphère noire, matérialisation de son burst. De son côté, Oboro est appelé par Elmore Tenjuin...

En se rendant dans la maison de campagne de l'oncle de Kabuto, Ageha et ses amis découvrent des indices sur ce qui a pu causer la destruction du monde. Toutefois, ils se font repérer par Dorki, un des dirigeants du W.I.S.E. qui est accompagné de deux de ses sous-fifres. Face à la puissance phénoménale de Dorki, nos héros prennent la fuite et se retrouvent séparés. Mais Ageha se réveille...!!

Ageha s'apprête à révéler à Elmore son destin tragique et celui des enfants, mais Nemesis Q l'envoie dans un univers étrange. Quelle est la véritable identité de ce mystérieux personnage ?! De son côté, Kagetora essaie de mettre la main sur une bande de cambrioleurs ayant recours au psy, mais une mauvaise surprise l'attend...!!

Ageha et ses amis ont vaincu Inui et tentent de lui faire avouer ce qu'il sait sur le W.I.S.E... Mais un homme aux pouvoirs terrifiants apparaît soudain. Il se débarrasse d'Inui pour le réduire au silence et attaque Ageha et les autres. Plus tard, ces derniers s'aperçoivent que le contenu du DVD qu'ils ont ramené du futur est différent de ce qu'ils avaient vu précédemment !

Grâce à Kôichi Iba, Ageha et ses amis en savent maintenant beaucoup plus sur le passé de Miroku Amagi et sur la chute de l'organisation Gregory. Iba leur a même révélé le moyen d'arrêter Miroku une bonne fois pour toutes. Pour y parvenir, ils doivent s'infiltrer dans l'ancien laboratoire de Gregory, à présent gardé par les soldats des forces d'autodéfense. Mais ils ignorent qu'un terrible danger les y attend...

La vie d'Ageha, lycéen, bascule le jour où il trouve une carte de téléphone « Psyren » ! Les détenteurs de cette carte sont propulsés dans un monde parallèle peuplé de monstres féroces. Ageha et ses amis vont devoir maîtriser leurs pouvoirs surnaturels pour espérer percer le mystère de Psyren !!

Ageha se retrouve finalement devant la maîtresse de Nemesis Q ! Il peut enfin lui demander d'éclaircir le mystère qui entoure le jeu de Psyren. La jeune femme lui fait de troublantes révélations sur ce qu'elle a vécu dans sa jeunesse ! Quant à Oboro et à Hiryû, que sont-ils devenus...?

Kagetora, Ran et Haruhiko se rendent à l'orphelinat Harukaze dans l'espoir d'y trouver des informations sur Miroku Amagi. Mais ils tombent sur Junas, un futur star commander ! Kagetora et Junas commencent alors à s'affronter pour défendre leurs causes respectives, mais... Pendant ce temps, Miroku Amagi cherche à mener à bien une étape de son plan en lançant un défi à un homme extrêmement puissant !!

Grâce à Kôichi Iba, Ageha et ses amis en savent maintenant beaucoup plus sur le passé de Miroku Amagi et sur la chute de l'organisation Gregory. Iba leur a même révélé le moyen d'arrêter Miroku une bonne fois pour toutes. Pour y parvenir, ils doivent s'infiltrer dans l'ancien laboratoire de Gregory, à présent gardé par les soldats des forces d'autodéfense. Mais ils ignorent qu'un terrible danger les y attend...

Le W.I.S.E. est rejoint par de nouveaux membres et se renforce autour de Miroku Amagi. La situation n'est pas à l'avantage d'Ageha et de ses amis, car ils n'ont aucun moyen de savoir où se cache Amagi. Pour empêcher la météorite Ouroboros de venir s'écraser sur Terre, Ageha se résout à faire un pari extrêmement risqué...

Ageha et ses amis doivent affronter les soldats d'élite du Fléau envoyés par le W.I.S.E. Les Racines deviennent alors le théâtre de plusieurs affrontements explosifs. L'assaut ennemi semble enfin repoussé, mais le star commander Junas fait soudain son apparition ! Ageha est désarmé face à l'incroyable pouvoir destructeur de son adversaire. Comment va-t-il se sortir de ce mauvais pas ?

Miroku Amagi a joué avec la vie des Terriens en utilisant ses extraordinaires pouvoirs. Confronté à un tel égoïsme, Ageha laisse exploser sa colère ! Quelle sera l'issue de leur combat, maintenant qu'ils possèdent tous les deux d'incroyables pouvoirs ? Pendant l'absence d'Ageha et de ses compagnons, le monde du présent se retrouve brusquement menacé de destruction...