Retour à l’époque de la rencontre entre Shin (13 ans) et Sakamoto (19 ans).À bord du navire de croisière, Sakamoto affronte Ikari qui se bat avec une ancre. Pendant ce temps, Shin apprend de la bouche de son père que ce dernier l’a sauvé en le soustrayant à l’orphelinat de la FJA, mais qu’il regrette son geste car cela a ruiné sa vie. Il s’apprête alors à tirer sur Shin, mais Sakamoto intervient…

Retour à l’époque de la rencontre entre Shin (13 ans) et Sakamoto (19 ans).Alors qu’il confronte Ando, Shin lui tire dessus par accident et le blesse gravement. Pourtant, Ando protège Shin contre son propre garde du corps. Apparemment, le père ne détestait pas tant son fils… Pour Sakamoto, la priorité est désormais de désamorcer la bombe cachée dans le navire, car elle est programmée pour exploser à la mort d’Ando.

Retour à l’époque de la rencontre entre Shin (13 ans) et Sakamoto (19 ans). Shin aide Sakamoto à évacuer les passagers du paquebot avant que les bombes n’explosent, mais le prix à payer est lourd : il perd sa dernière chance de parler à son père. Ce dernier, resté seul à bord, explose avec le navire après un souhait adressé en pensées à son fils : “Vis ta vie”…

Retour au présent, dans la prison de la FJA où Shin a retrouvé le moral grâce à Sakamoto. Tous les deux rejoignent Heisuke, laissé seul face à Torres afin de protéger l’oracle Atari. Torres est finalement repoussé et tout le groupe file vers la surface. Sur place, cependant, un comité d’accueil se prépare…

À peine sortis de la prison de la FJA située sous le château d’Okutabi, Sakamoto et son groupe d’évadés tombent sur l’Ordre au grand complet mené par Oki. Ce dernier a décidé de faire alliance avec Slur qui vient d'éliminer Asaki, le président de la FJA. Slur annonce alors au public la fondation de la “nouvelle FJA”…

En prenant le contrôle de la FJA, Slur prend du même coup le contrôle du gouvernement japonais. Il expose alors son plan au public : établir une liberté totale par le chaos total, en distribuant à chaque habitant une arme, trois balles et la liberté de s’en servir à loisir. De son côté, Oki, l’actuel chef de l’Ordre, a choisi de s’allier avec Slur…

La Nouvelle FJA contrôlée par Slur, alliée à l’Ordre dirigé par Oki, rebat les cartes : le règlement qui régissait les actions des assassins n’existe plus. Les civils, dont la famille de Sakamoto, sont désormais des cibles. Quand il voit sa supérette exploser, Sakamoto reste sous le choc. Seule l’intervention de Yotsumura et Kindaka lui évite d’être tué par Oki…

La supérette Sakamoto est détruite. Heureusement, Aoi et Lù n’ont rien. Selon Yotsumura, pourtant, Sakamoto a reçu un choc si violent quand il a cru sa famille perdue, qu’il ne pourra plus combattre. Dans le même temps, la fusion s’opère entre l’Ordre et la bande de Slur, malgré quelques heurts…

En distribuant des armes aux civils, Slur cherche à provoquer une spirale de violence où tous finiraient par s’entretuer. Son but ? Remettre l’assassinat au cœur de la société pour restaurer l’âge d’or des assassins. Dans le même temps, les jeunes de la JCC réunis autour de Natsuki Seba cherchent le moyen d’arrêter le massacre avant qu’il ne commence. Natsuki découvre que chaque pistolet distribué aux civils contient une puce qui permet de verrouiller l’arme à distance…

Shishiba prévient Shin qu’il s’occupera de Slur. Ce dernier risquant de se transformer en Takamura, Shishiba sait qu’un échec sera fatal et ordonne à Osaragi de rester en retrait. Le combat s’engage, mais l’arrivée d’Oki et Torres complique la situation. Alors qu’Oki s’apprête à porter un coup fatal à Shishiba, Osaragi intervient pour le sauver.

En sauvant Shishiba, Osaragi a réveillé chez Slur la personnalité de Takamura. Ce redoutable sabreur ne fait qu’une bouchée d’Osaragi qui se retrouve au sol, inconsciente… C’est alors que débarque le sniper Kamihate que rien n’empêchera de défendre sa chère Osaragi !

L’intervention de Kamihate permet à Shishiba et Osaragi (toujours inconsciente) d’échapper à Slur-Takamura, mais tous les trois tombent sur le dernier membre de la bande de Slur : Gozu… Ce dernier, qui manipule l’électricité, assomme rapidement Kamihate et Shishiba. Heureusement, les décharges électriques jouent le rôle de défibrillateur sur Osaragi, qui revient à la vie, envoie valdinguer Gozu et s’échappe avec Shishiba et Kamihate sous les bras !

Sakamoto, traumatisé par l’explosion de sa supérette qui aurait pu emporter sa famille, reste incapable de se battre. Shin se charge donc de protéger tout le monde à sa place ! Avec l’aide de son “tonton” Asakura, il tente de diffuser son pouvoir par ondes radio, afin d’ordonner à la population de tirer ses munitions dans le vide…

Shin utilise son pouvoir depuis une haute tour de Tokyo afin d’intimer à un maximum de gens l’ordre de tirer toutes leurs munitions. Slur intervient en percutant la tour à l’aide d’un avion militaire. Le combat s’engage entre Shin et Slur. Ce dernier prend l’avantage et tire sur Shin. Mais le coup ne part pas, car Natsuki Seba a profité de la destruction de la tour pour pirater l’ensemble des armes du pays afin de les mettre en mode “chargeur vide”. Slur sort alors son sabre pour finir Shin “à l’ancienne”…

Face à Slur, Shin résiste difficilement. Il s’efforce d’étouffer ses pulsions meurtrières pour ne pas réveiller chez son adversaire la personnalité de Takamura. Mais quand tous les deux tombent dans un aquarium rempli de requins, l’un d’eux attaque Slur et Takamura se réveille !

Shin tente de résister à Slur-Takamura, en vain : ce dernier lui tranche la tête d’un coup de sabre…

Atari utilise ses dernières traces de chance pour sauver Shin d’une mort certaine. L’oracle s’expose du même coup à l’ultra-malchance, dont les effets se manifestent immédiatement : Slur-Takamura reçoit le renfort surprise de Kumanomi, Gozu, Oki, Tanabata et Torres. Malgré le sort qui s’acharne, Shin a peut-être trouvé une porte de sortie…

Shin utilise son pouvoir pour ordonner à tous ses adversaires d’attaquer Slur, les forçant du même coup à diriger leurs intentions meurtrières vers Takamura… Mais Gozu intervient et, à l’aide d’une décharge électrique massive, force Slur à reprendre sa personnalité “de base”. Ce dernier décrète qu’il faut tuer Sakamoto et tous ses alliés, famille y compris. Alors que Shin se croit définitivement perdu, Sakamoto intervient…

Sakamoto expulse Shin et Atari hors de l’aquarium pour affronter seul Slur et sa bande. Cependant, il n’est pas vraiment en état de combattre et semble se diriger vers la défaite, voire pire… Pour ne rien arranger, il met Slur dans une colère noire en l’accusant de simuler la personnalité de Rion Akao.

Sakamoto affronte seul Slur et sa bande, pour les empêcher de partir à la poursuite de Shin. Sakamoto, finalement vaincu par la technique du “chemin de l’assassinat” de Rion, confirme avant de s’évanouir que Rion est bel et bien morte car si elle avait été vivante en Slur, “elle aurait fait mieux”…