La nouvelle série Yu-gi-Oh!Nous sommes en 20XX dans la ville de Neo Domino City. Sous la clameur du public, Yûsei Fudô et Secto viennent de commencer un duel !! À la fin de la partie apparaît le Chevalier squelette, un mystérieux personnage qui fait l'objet d'une légende dans la ville... Les présentations sont à peine faites qu'il est déjà en train de défier Yûsei dans un duel dont l'enjeu n'est autre que l'âme du jeune duelliste !!

Après un premier duel contre Jack Atlus qui s'est soldé par une défaite au goût amer, Yûsei veut prendre sa revanche... Aussi, quand on lui propose de s'inscrire au tournoi D1GP qui pourrait, en cas de victoire, lui donner l'occasion de prendre sa revanche sur Jack, il n'hésite pas à seul instant ! Toutefois, il devra pour cela affronter des riding duelists tous aussi redoutables les uns que les autres...!

Le D1GP entre dans sa seconde phase !! Yûsei s'en sort avec les honneurs, tandis que la psycho-duelliste Aki commence son riding duel contre Kiryû. Par contre, le comportement bizarre de Secto, qui détient une carte des ténèbres, est inquiétant... C'est alors qu'apparaît Jack Atlus qui ne demande pas mieux que de récupérer cette carte !

Yûsei bat Rua et Luca, les jumeaux au Duel Dragon, au terme d'un duel acharné. La seconde phase du D1GP peut alors commencer ! Yûsei fonce vers le quatrième Duel Zodiac pour mettre la main sur un Duel Dragon. Mais Crow l'y attend ?!

Le roi Jack est acculé par la stratégie « combo sans carte en main et zéro point de vie » de Kiryû ! Mais Jack aurait-il un plan secret pour la contrer ? De son côté, Yûsei poursuit sa quête des Star Tickets, quand le Chevalier Squelette apparaît et lui apprend que Secto l'attend dans une forteresse volante de l'autre côté de la Duel Gate...

Nous sommes à l'époque Edo, au cours de la période Genroku. Rihan, commandant suprême de la seconde génération du clan Nura, est un bon vivant insaisissable. Mais lorsqu'un ennemi l'attaque, il le sabre avec habileté ! D'étranges yôkai surgissent les uns après les autres sur le territoire du clan Nura. Derrière ces apparitions, dissimulé dans les ténèbres, se cache un personnage aux sombres desseins...

Le riding duel entre Rex Goodwin et le Roi absolu, Jack Atlus, continue. Jack a le plus grand mal à se débarrasser du Duel Dragon de Goodwin, « Dragoascension ». Comment ce duel va-t-il se terminer ? Sur l’escalier du ciel boréal, le Chevalier Squelette barre le chemin à Yûsei. Yûsei doit gagner s’il veut sauver Secto !!

Les duels passent à la vitesse supérieure ! Secto est devenu le Roi suprême de la Serrure terrestre. Yûsei doit donc affronter son ami en duel, un ami dévoré par les ténèbres ! Mais Yûsei a le plus grand mal à se débarrasser de « Beelzeus ». Parviendra-t-il à libérer le coeur de son ami ? Pendant leur duel, le rituel de résurrection du dieu ultime continue !!

La nouvelle série Yu-gi-Oh!Nous sommes en 20XX dans la ville de Neo Domino City. Sous la clameur du public, Yûsei Fudô et Secto viennent de commencer un duel !! À la fin de la partie apparaît le Chevalier squelette, un mystérieux personnage qui fait l'objet d'une légende dans la ville... Les présentations sont à peine faites qu'il est déjà en train de défier Yûsei dans un duel dont l'enjeu n'est autre que l'âme du jeune duelliste !!