Yûgi et ses amis se reposent après la fin du Battle City. Un repos de courte durée, puisque Yakô Tenma, le directeur d'Industrial Illusion qui vient de s'emparer de la Kaiba Corporation, invite Yûgi à entrer dans son jeu maléfique. Tenma a enlevé Anzu pour provoquer Yûgi. De plus, il vient le défier avec une nouvelle carte de dieux...

Yûgi relève le défi lancé par Tenma ! Accompagné de ses amis Honda et Jôno-Uchi, il se lance à l'assaut des bâtiments de la Kaiba Corporation Toutefois, avant de rejoindre Anzu, il devra se battre contre des "chasseurs de primes". Pendant ce temps, au coeur de la Kaiba Corporation, Tenma élabore son projet R.A. dans le plus grand secret !

Grâce à son combat contre Yûgi, Gekkô, le jumeau de Tenma, est délivré de l'emprise maléfique de son frère. Il livre maintenant bataille contre Tedd Banias sous le regard de Yûgi et Bandit Kierce !! De son côté, Jôno-Uchi affronte Reiko, une jeune femme timide, devenue cards professor en seulement 1 mois ! Nos amis arriveront-ils à vaincre leurs ennemis afin d'obtenir les cartes qui leur permettront de rejoindre Anzu ?

Yûgi a remporté le duel qui l'opposait à Depré ! Richie, un autre Card Professor se présente alors afin de barrer la route à Yûgi et Gekkô. Cependant, l'objectif principal du nouvel arrivant est Gekkô qu'il veut combattre afin de venger Pegasus !! Gekkô pourra-t-il se mesurer à ce Card Professor équipé d'un Black Duel Disk, signe qu'il a atteint le sommet de la guilde des Card Professors ?!

Nos amis sont sur le point de rejoindre Yakô, lorsque Bandit Kierce leur barre le chemin ! Yûgi préfère continuer à avancer et laisse Jôno-Uchi s'occuper de Kierce. Bandit Kierce est rongé par la colère et ne fera pas de cadeau...!! Tous nos acteurs sont plus que jamais motivés pour cette ultime bataille !!