Des dizaines de bombes à azote ont été placées dans les mers et les océans du monde entier par un groupe mystérieux. Après l’échec de l’équipe opérationnelle de déminage américaine, c’est au tour de celle du Japon de passer à l’action. C’est Machiko Machida, un prodige en désamorçage de bombe, et son inséparable partenaire Nagito Aranagi, qui sont chargés de désamorcer la première. Malheureusement, la situation ne se passe pas comme prévue, et le commandant de l’équipe opérationnelle de déminage japonaise décide de changer de stratégie… 

Nagi et Machi se sont promis de « nettoyer le monde ». Afin de tenir parole, Nagi part désamorcer la deuxième bombe à azote avec Yuzu et Kuro. Mais à l’instant où ils pénètrent dans la zone située au centre du gigantesque sous-marin contenant la bombe, c’est la stupéfaction… L’équipe se retrouve face à une maquette taille réelle du quartier général de l’Équipe opérationnelle de déminage japonaise.

Témoin de la mort de Kanzaki, un des militaires chargés de protéger l’EOD, Nagi se jure de protéger ses camarades, quoi qu’il arrive. Ses premières décisions s’avèrent bonnes, puisqu’il parvient à faire reprendre ses esprits à Yuzuha toute proche du suicide.Les deux compères retrouvent finalement Kuroya et Sakaguchi avant d’atteindre la salle de la bombe. Confiants dans leurs chances de remporter le duel contre la machine avec le programme de Machiko, ils vont faire face à une énorme surprise…Deuxième bombe à azote à désamorcer et début d’une nouvelle étape avec l’apparition d’un protagoniste clé…

Neko prend la décision de désamorcer la troisième bombe à azote à la place de Nagi qui a survécu, tant bien que mal, à la deuxième mission. Cela dit, son choix n’est pas guidée par un sentiment de justice, elle est uniquement motivée par sa promesse faite à une jeune fille et par la présence de Misaki.Au même moment, une mystérieuse équipe de trois personnes fait son entrée dans le bureau du Commandant Kaiba…

La multitude de bombes à tête chercheuse finit par neutraliser Neko et son équipe en blessant gravement Misaki. Haru décide de se rendre en haut de la tour au plus vite sans se soucier d’elle, mais Neko, qui tient à Misaki plus que tout, s’oppose fermement à cette idée. Son opiniâtreté finira par sauver Misaki... mais l’heure n’est pas encore aux réjouissances car il leur reste à désamorcer la dernière bombe à azote…