L'action se situe vers la fin des années 60. On y découvre Kuro Hazama, un jeune étudiant en médecine, défiguré par une balafre sur la joue. Ce jeune prodige de la médecine deviendra plus tard Black Jack, le mystérieux chirurgien auquel on fait appel quand tout espoir a disparu. Plus qu'une simple histoire de médecine, la série intègre de nombreuses références à la situation internationale et aux conditions sociales du Japon de la fin des années 60.

Kuroo tente de retrouver son ami Charles disparu au Vietnam. Alors qu’il se rend à Dalat en profitant d’un détachement militaire, une embuscade des combattants nord-vietnamiens sème la mort et la destruction dans le convoi… Fait lui-même prisonnier, Kuroo devra lutter pour sa vie et pour la survie d’un patient qu’il ne peut se résoudre à laisser mourir…

En 1968; Kuroo se rend dans une Amérique encore hantée par le spectre de la ségrégation raciale. Il rencontre alors Johnny; un jeune activiste adepte du principe de non-violence de Martin Luther King. Cependant; cette non-violence risque de ne pas correspondre au climat de lépoque; rendant plus que nécessaires les talents médicaux du jeune Black Jack

Kuroo Hazama, le futur Black Jack, se retrouve cloué dans un fauteuil roulant à cause des séquelles du terrible accident subit dans son enfance. Il partage ainsi le quotidien de Yajima, un camarade lycéen qui a perdu lusage de ses jambes après un coup de couteau reçu dans une bagarre Un médecin pourtant, va tenter de les sortir de leurs fauteuils.

Quand Kuroo obtient de son ami Charles un journal écrit durant la guerre du Viêtnam, il ignore qu'il va plonger dans la vie dune femme-médecin qui raconte les ravages et les pertes de la guerre. Il ignore aussi que ce journal raconte une naissance, celle de son antithèse, le célèbre Kiriko.