Depuis une attaque chimique dévastatrice, suite à une confrontation avec Metallo, les pouvoirs de Superman ne sont plus ce qu'ils étaient... Pour retrouver sa force d'antan, l'Homme d'Acier n'a d'autre choix que de se tourner vers le justicier de Gotham : le Chevalier Noir. Ensemble, les deux plus grands super-héros que le monde ait jamais connus vont devoir explorer toutes les pistes possibles pour délivrer l'Homme de Demain de son mal... allant jusqu'à enrôler une nouvelle équipe : la Doom Patrol.

Une étrange comète fend le ciel, toutes les chaînes de télévision, de Gotham à Metropolis, ont les yeux rivés sur elle. Heureusement, Superman, Batman et Robin l'interceptent avant qu'elle ne s'écrase ! Il s'agit en réalité d'un vaisseau qui abrite un jeune homme du nom de Boy Thunder. Le Chevalier Noir et l'Homme d'Acier ne tardent pas à le prendre sous leur aile. Mais les nouvelles vont vite et, conscients du potentiel que représente ce héros en herbe, le Joker et The Key vont profiter de sa candeur pour tenter de le rallier à leur camp.

Metropolis est sous le choc : le richissime Simon Stagg est retrouvé mort, empoisonné. Les projecteurs se braquent sur son gendre, un ancien archéologue du nom de Rex Mason, rescapé d'un grave accident.... et qui n'est autre que le mutant Métamorphe ! Bruce Wayne est néanmoins suspecté et l'affaire se corse, en particulier lorsque des éléments clés de l'enquête viennent à disparaître...

Des secrets refont surface, de ceux qui pourraient détruire une alliance avant même sa création... Des années plus tard, à Kingdom Come, Batman et Superman se lancent à la recherche de Boy Thunder, envoyé par la Clé dans le Multivers. Dans ces réalités parallèles, pourront-ils compter sur leur alter égo ? Mais surtout, dans quel état vont-ils retrouver le jeune homme ? Fragilisé par de précédents événements traumatiques, en proie à des crises de colère et de violence, saura-t-il suivre les pas de son mentor, ou sombrera-t-il dans les ténèbres ?