Quand il n'affronte pas les défis de son quotidien de lycéen, Peter Parker défend la ville de New York sous le costume de Spider-Man ! Il doit notamment faire face à une invasion d'animaux mutants, qui pourrait cacher un lourd secret... Heureusement, il peut compter sur l'aide de ses amis Miles Morales et Gwen Stacy, les autres stars du film Spider-Man: New Generation.

La vie de Peter Parker, Miles Morales et Gwen Stacy n'est pas de tout repos. Les trois amis partagent en effet leur temps entre leurs aventures super-héroïques et les études. À la veille d'un examen crucial, les jeunes héros réussiront-ils à garder la tête froide afin d'affronter un nouveau criminel implacable ?