Miles Morales, le Spider-Man issu de la réalité Ultimate aujourd’hui disparue, a rejoint le nouveau monde Marvel. Depuis, il fait partie des Avengers aux côtés du Tisseur de l’univers classique, Peter Parker. Lorsque le groupe subit les assauts du terrible Blackheart, le jeune héros semble être le seul en mesure de le sauver.

En plein Civil War II, Miles Morales doit trouver sa place au milieu dun conflit de héros quil admire. Pourtant les visions d'Ulysse annoncent un futur que Spider-Man souhaite plus que tout éviter.

Dans une réalité parallèle, ce n'est pas Peter Parker qui s'est fait mordre par une araignée radioactive mais sa camarade de classe Gwen Stacy. Devenue Spider-Woman, elle protège New York des criminels de la même manière que Miles Morales le fait dans l'univers Marvel. Au cours d'une enquête conjointe à travers les dimensions, les deux adolescents font une découverte des plus surprenantes...