Né dans le hameau italien de Vinci, Léonard n'est pas un garçon comme les autres. Plus intéressé par la nature que par les jeux des enfants de son âge, il passe le plus clair de son temps à dessiner, observer et réfléchir. Sa vie bascule le jour où son père, un notable de Florence, l'emmène s'installer en ville. Sur place, le jeune homme - qui est doté d'impressionnants dons artistiques - se fait rapidement remarquer. Il entre alors comme apprenti au sein du prestigieux atelier de l'artiste Verrocchio... où son originalité et son génie ne tardent pas à faire des étincelles !

À la suite d'une dénonciation anonyme, Léonard de Vinci est arrêté par les autorités. On reproche en effet à l'artiste une liaison supposée avec un jeune homme de dix-sept ans, Jacopo Saltarelli. Dans l'Italie du XVe siècle, l'homosexualité est considérée comme un péché si grave qu'il peut mener au bûcher. Comment Léonard s'y prendra-t-il pour échapper à cette terrible fin ?