Gen, un lycéen, vit paisiblement avec sa famille sur l'île de Tsushima, au large du Japon. Lorsque de terrifiantes créatures mutantes apparaissent et déciment la population, il se cache avec sa soeur. Abandonnés par le gouvernement et terrés dans des bunkers, rescapés sont isolés du reste du monde. Ceux qui ont échappé aux griffes des mutants portent désormais en eux l'alien qui a mis l'humanité à genoux... mais aussi la solution pour reconquérir leur propre planète !

Rescapé de Tsushima, le jeune Gen est l'objet de toutes les convoitises. Tandis que le commandant Kusagae implore son aide pour venger ses camarades sacrifiés, Rin Samura souhaite l'intégrer, de gré ou de force, au projet Gigantis. Mais le garçon n'a qu'une obsession : arracher sa soeur à l'enfer. Hélas, tous semblent oublier le plus grave... jusque-là miraculeusement protégé de la menace IAS, le Japon est sur le point de basculer dans le chaos !

Tandis que les IAS menacent de décimer Fukuoka, le docteur Samura déclenche la gigantisation de Gen qui s'annonce la plus prometteuse de l'histoire... sous réserve qu'il y survive ! De son côté, à l'intérieur de l'aéroport infecté de mutants, le commandant Kusagae et ses troupes leur découvrent un surprenant point faible. Y aurait-il enfin une lueur d'espoir pour le Japon et pour l'humanité ?

Accompagnées de Gen et du docteur Samura, le commandant Kusagae et ses troupes se dirigent vers Tsushima dans le but de sauver les derniers insulaires. Si le jeune Gigantis est déterminé à retrouver sa soeur, il craint également de ne pas maîtriser sa nouvelle force. Et de son côté, le chef militaire espère de cette mission qu'elle l'aide à surmonter ses échecs. Mais le passé pourrait bien se retourner contre lui... Des IAS et des humains coincés entre les rives de Tsushima, qui sera le prédateur et qui sera la proie ?

Le chaos règne sur Tsushima : un immense spécimen s'est réveillé, menaçant l'ensemble de l'archipel. Le commandant Kusagae, qui a retrouvé Misaki, fait face à son ancien supérieur désormais corrompu par l'IAS. Incapable d'être gigantisé suite à une ruse de ses adversaires, Gen doit parvenir à déclencher malgré tout sa mutation pour espérer soumettre son adversaire et ainsi sauver soeur. Car sansle Gigantis, le destin de Tsushima et du Japon tout entier est d'êrte anéanti... L'espoir est-il encore permis ? Découvrez l'issue de cette tragédie mêlant survival et science-fiction !