Ruka, une collégienne éprise de liberté, vit au bord de la mer. Pendant les vacances d'été, elle fait la connaissance de deux garçons, Umi et Sora, qui ont été élevés par des Dugongs, des mammifères marins menacés de disparition. Quand ils nagent dans la mer, ils donnent l'impression de voler et parfois se mettent à briller. Qui sont réellement ces deux garçons fascinants ?

Si Jim veille sur les garçons, c'est parce qu'il y a quarante ans, il a causé la mort d'un enfant qui ressemblait beaucoup à Sora. Mais ce dernier se sent investi d'une mission et décide de suivre le jeune et brillant Professeur Anglade, un ancien collaborateur de Jim. Ruka part à sa recherche avec Umi, qui a perdu sa joie de vivre. Mais la tempête se lève...

Sora a disparu sous les yeux de Ruka dans un océan aussi noir que de l'encre. La météorite qu'il lui a confiée la guide vers le large, accompagnée d'Umi et d'Anglade. Les eaux renferment des souvenirs terribles et beaux à la fois : Umi et Sora tels que Ruka les a connus, le passé de Jim et d'Anglade... Petit à petit, les intentions de chacun deviennent plus claires, tout commence à se mettre en place et le récit prend une dimension beaucoup plus vaste...

À bord du voilier, Anglade a laissé un message dans lequel il annonce l'imminence du ''grand jour''. Kanako prend la mer avec Dede dans l'espoir de retrouver Ruka et Umi, qui ont disparu. On apprend ce qui a éloigné Jim et Anglade, malgré leur fascination commune pour Sora et Umi. Que s'est-il passé il y a six ans en Antarctique, sur fond de divergences d'opinion et de phénomènes anormaux de plus en plus présents ?

L'ombre de Sora intime à Ruka de ''regarder'' ce qui est sur le point de se passer. Peu après, Umi apparaît, récupère la météorite et mène Ruka à la surface. Le ''grand jour'' tant attendu par tous les êtres vivants commence, et seule Ruka assiste au spectacle. Une fresque grandiose touche à sa fin.