Kana Sakuragi vient de finir ses études à l'université et peine à trouver un premier emploi. Entourée de monstres dans la salle où elle était en train de passer un nouvel entretien d'embauche, elle vient en aide à Koshigaya, la magical girl envoyée pour gérer la situation. Il n'en faut pas plus pour donner à Kana l'envie de se lancer elle-même dans le métier de magical girl, au sein de la start-up « Magilumière Co. Ltd. »...

Kana et Koshigaya sont envoyées en mission dans un quartier commerçant, pour y éliminer les monstres qui se sont infiltrés partout. Privilégiant l'efficacité, Kana propose de déployer une technique de magie à large rayon d'action, mais Shigemoto refuse en affirmant que ce n'est pas conforme à la philosophie de l'entreprise.

Déployée auprès de la belle Lily, magical girl chez un fabricant de produits cosmétiques, Kana doit faire face à un nouveau monstre. Les deux jeunes femmes, qui éprouvent des difficultés à lui tenir tête après sa brusque mutation, reçoivent l'aide de Tsuchiba, une magical girl employée par AST, le leader du domaine. Kana est alors confrontée à la vision du travail de Tsuchiba, en complète contradiction avec la sienne.

Kana rend visite à Ginji, une jeune ingénieure de génie, afin que cette dernière opère les réglages d'usage sur son balai. Percevant les qualités de Kana, Ginji décide de lui confectionner un nouveau balai multifonctionnel, qui est mis à profit par son utilisatrice dès la première occasion ! La technologie innovante de Magilumière, centre de toutes les attentions dans la profession, occasionne la venue d'une stagiaire, et c'est Kana qui est chargée de la former !

Kana est envoyée en mission en binôme avec Makino, en formation chez Magilumière. Elles se retrouvent en mauvaise posture, mais Koshigaya se précipite pour voler à leur secours... Par ailleurs, le « système Alice » de Magilumière est mis à l'ordre du jour lors d'une réunion à laquelle participent différents acteurs du secteur de la magie. Afin de faire reconnaître l'importance de son système et de le diffuser largement pour le bien des magical girls, Shigemoto envoie ses employées éliminer un monstre d'un genre nouveau, dont l'existence avait été jusque-là gardée secrète !

Magilumière espère faire adopter le « système Alice » à l'échelle mondiale. Afin de prouver son efficacité, Kana et Koshigaya se rendent au Centre National de la Recherche Magique, avec pour mission d'éliminer un monstre d'un nouveau type. Mais le père de Koshigaya, le Secrétaire général du Bureau de l'énergie magique, ainsi que Tsutsumi, professeur d'université, tous deux membres de la Fédération de magie se rendent sur place également. Tsutsumi, désireux de contrecarrer les projets de Magilumière, fait appel à la société concurrente AST.

La société Magilumière s'est agrandie, avec l'embauche de Makino et d'Akasaka. Tout le monde se rend à Kyoto, dans le but de trouver le nouvel ingénieur qui fait désormais cruellement défaut. Ils font la rencontre d'Hibiki Yamimori, celui que Shigemoto envisage d'embaucher, au sein d'un sanctuaire connu pour être à l'origine des magical girls. Cependant, le jeune homme apparaît bien mal disposé...