Tokyo, 2048. La mégalopole est désormais le nid du terrorisme et du crime. Lorsque la nuit tombe, de mystérieux meurtres y sont perpétrés. C’est l’œuvre d’une poignée d’androïdes aux sombres desseins pour le genre humain. Mais l’un d’entre eux s’oppose au macabre projet. Son nom : Origin.

Après avoir détruit “Da”, le robot qui a tué plusieurs humains de sang-froid, Origin se fait soudainement attaquer par “Son” et “Gon”, alors qu’il raccompagne sa collègue Mai Hirose chez elle. Cette réaction illogique venant de robots ne peut être interprétée que comme une vengeance. Cela signifie-t-il que, parmi eux,  se trouve un robot qui est capable d’éprouver des émotions ? Quelle sera l’issue de ce féroce combat entre ces robots dont l’humanité ignore l’existence ?

Le directeur d’Oku Electronics, M. Yamada, et la jeune Ai veulent voler un robot militaire de l’AEE. Or, les voyous qui ont été recrutés pour ce plan ayant eu en tête de le récupérer, la petite fille se met à tuer les traîtres à bord du robot militaire. Origin est témoin de l’horrible avidité des hommes, mais écoutant son principe de vie, il se met en tête d’affronter cette arme ultime pour sauver le plus d’humains possibles !

Accompagné de sa supérieure Laura Fermi et de sa collègue Mai Hirose, Origin est en déplacement au Centre de recherche en intelligence artificielle de Kyôto. Or, c’est le moment que Gon a choisi pour attaquer le Centre et massacrer tout ceux qu’il trouve sur son chemin. Les moyens de communication ayant tous été neutralisés, Origin est le seul à pouvoir sauver les quelques survivants. Il aura néanmoins besoin d’aide pour combattre ce Gon devenu surpuissant afin de préserver sa vraie identité…

Afin de respecter sa mission de protection de  Mai  Hirose,  Origin  revêt une combinaison de combat et part affronter les dix  Gon  qui se dressent sur son chemin. Mais ses adversaires sont lourdement équipés et possèdent assez de lance-missiles et autres  lance-grenades pour faire exploser la moitié du Centre de recherche  dans lequel ils se trouvent.  Origin  va donc  devoir user de stratégie, mais surtout, trouver un élément en lui qui pourra faire la différence… 

En combattant les dix Gon humanoïdes, Origin voit son corps se détruire peu à peu. C’est alors qu’apparaît le vrai Gon sous une enveloppe corporelle gigantesque et doté d’une puissance de combat phénoménale. Au bord de l’autodestruction, Origin décide malgré tout de continuer à se battre pour protéger Mai Hirose et entrevoit même le point faible de son ennemi. De leur côté, les humains tentent de s’échapper du Centre par le tunnel central, mais le Gon n° 1 les rattrape…

L’affaire de l’attaque du Centre de recherche à Kyôto par des robots a été enterrée par la puissante influence politique de l’AEE. Cette dernière ouvre une enquête interne en créant une équipe de chercheurs dédiée à l’analyse des carcasses des robots trouvées sur les lieux. En parallèle,  Origin  se rend compte que Mai  Hirose  est tombée amoureuse de lui et adopte alors une stratégie pour l’éloigner de lui. Mais la jeune fille est plus forte qu’il ne le pense… 

L’enquête de l’AEE a mis en évidence la présence de robots humanoïdes parmi les humains. Commence alors une traque dont Origin pourrait faire l’objet. De leur côté, les robots s’en prennent, eux aussi, à leur prototype et rôdent autour de l’AEE. C’est à ce moment que l’un des leurs, Kan, retrouve la trace d’Origin et l’attaque. Celui-ci est l’adversaire le plus redoutable qu’il ait affronté jusqu’à présent et ressemble étrangement à quelqu’un qui lui est cher…

La mort de Mai Hirose a enfin fait naître des émotions et un ego chez le robot qu’est Origin. Mais il se retrouve alors rongé par la colère et plongé dans une profonde tristesse. Décidé à venger la mort de Mai, il se met en tête de détruire ses frères robots un à un, à commencer par Kan. Puis, il se dirige seul vers leur repaire à Furano où l’attendent les autres robots et notamment Masamune…

Arrivé au niveau le plus profond du repaire de ses ennemis, Origin voit sa route barrée par un adversaire qu’il a affronté maintes fois par le passé : Son. Masamune et lui vont alors découvrir que cette dernière possède un pouvoir qui dépasse la logique de la physique. Origin arrivera-t-il à vaincre ses ultimes ennemis jurés pour enfin réussir à mener une vie convenable ?