Même après des siècles, les ninjas sont parmi nous.Jouissant autrefois d'un grand prestige, ces combattants émérites avaient disparu après-guerre, leur organisation prétendument démantelée par les Forces Alliées. En réalité, il n’en est rien.Aujourd'hui, ces maîtres en infiltration, espionnage ou assassinat compteraient près de 200 000 membres : une partie représente une élite prenant part aux conflits à grande échelle, tandis que l’autre peine à se maintenir en activité. C’est le cas de Kurô Kumogakure, jeune shinobi aussi redoutable que désœuvré… Son quotidien de faux oisif bascule le jour où on lui confie enfin une mission : stopper un tueur d’origine russe, prêt à tous les massacres pour infiltrer l’organisation des ninjas.

Kurô Kumogakure reprend du service en tant que ninja après s’être vu confier la mission d’infiltrer le lycée Kôdan. Alors qu’il pensait attendre tranquillement les tests de sélection de l’école, on le charge d’arrêter un homme russe qui défraie la chronique. Il semble être persuadé que pour devenir un ninja, il lui faut trancher les bijoux de famille de plusieurs hommes... Rechignant à mettre le pied dehors, Kurô se fait devancer par hasard par Sasama, ex-ninja de haut rang, qui engage le combat contre le dangereux criminel…

Kurô Kumogakure est toujours à la recherche de l’étranger qui sévit dans le quartier de Nerima. Ce dernier, alors qu’il s’est caché dans un temple, est surpris par une fillette du nom de Junna. Étrangement, la petite fille et l’étranger se prennent d’affection l’un pour l’autre, mais au moment même où cette dernière l’emmène chez elle, l’étau se resserre autour de l’homme d’origine russe...

Kurô Kumogakure a réussi le test d’entrée au lycée Kôdan. Afin de mener à bien sa mission, Katô, son supérieur direct, lui fournit une moto un peu spéciale et des armes dernier cri. Pour son premier jour d’école, le jeune ninja décide de se rendre au lycée en compagnie de Noguchi, la fille à la coloration blonde, et d’Eita, le reclus. Une fois au lycée, Kurô tombe sur des rivaux déjà infiltrés et sur une bande de jeunes filles surmaquillées qui semblent être du côté de l’ennemi. La vie lycéenne de Kurô s’annonce-t-elle désespérément orageuse ?

Peu de temps après son infiltration dans le lycée Kôdan, Kurô écrase la leader de la bande de filles surmaquillées. Il se décide ensuite à défier l’homme à tout faire de l’établissement, qu’il considère comme le véritable chef ennemi, dans un duel qui révélera toute la puissance de sa fameuse arme “Ton”. De son côté, Katô, qui enquête en secret sur les dessous de la mission, découvre des singularités dans l’immeuble de Kurô et chez ses habitants qui renforcent ses soupçons sur sa propre organisation.

L’assassinat d’une shinobi dans le quartier de Nerima inquiète aussi bien la police que l’organisation ninja officielle. La kunoichi a été  attaquée par un combattant à l’efficacité redoutable et à la présence  quasi indétectable. Son matériel de défense surpassant celui de N.I.N,  une enquête poussée s’organise. Dans le même temps, Kûro, entraîné  par un autre gamin de son lycée se prépare à attaquer l’académie Yankî,  véritable repaire de racailles...

Après avoir fait allégeance à U.N., Saruta se lance à l’assaut du lycée  Kôdan et massacre méthodiquement chaque personne qu’il croise,  professeurs et élèves confondus.  Avec l’aide du chûnin Katô et du “Cube”, un immense robot en carton,  Suzuki et Onikôbe tentent une contre-attaque pour mettre un terme  à l’hécatombe. Mais face à un Saruta équipé d’une combinaison  Marishiten qui le rend totalement invisible, le combat est déséquilibré  et la situation ne fait que s’aggraver...

Après la défaite de Hibi face à Yamada, c’est au tour de Kurôde défier la jeune fille. Les deux adversaires brandissent chacun leur sabre et s’engagent dans un duel à l’issue aussi rapide que fatale. Au même moment, au lycée Kôdan, Saruta se retrouve acculé sur le toit de l’établissement par Onikôbe et Katô alors qu’une intrusion est détectée dans le satellite “Ton” qui s’apprête à frapper l’établissement...

Suite à la perte de leur satellite de frappe et au vol de leurs données par U.N., N.I.N. se retrouve brusquement en position de faiblesse. Traqués par les nouveaux modèles de drone-shuriken de l’ennemi, tous les gradés sont obligés de se terrer et les genin sont envoyés en première ligne. De son côté, Katô est condamné à mort par la cour martiale ninja après l’échec de l’opération au lycée Kôdan...

Après s’être échappé de son lieu d’exécution grâce à la Marishiten phallique reçue par Sasama, Katô disparaît dans la nature avec Igarashi. N.I.N. rappelle alors les troupes étrangères du jônin Shimada pour éliminer Katô et ordonne à Jûrô et ses acolytes de se débarrasser d’Igarashi. Ce dernier a d’ailleurs choisi de se terrer à Nerima et guette l’occasion de se venger de N.I.N., responsable de son douloureux passé...

Jûrô et Ryûko s’allient à Alexei, le terroriste étranger, et Dominic, agent des troupes étrangères de N.I.N afin de débusquer Katô. Accompagnés du chat ninja, ils se dirigent vers Eco-Eco Tower, le repaire dans lequel Suzuki a attiré Igarashi, en espérant y trouver également le sergent major. Parallèlement, la jeune femme utilise la manière forte pour former l’écrivain Akikazu Yoshida au métier de “You Mover”, chargé de promouvoir les activités de N.I.N.

Alors qu’on pensait que Katô avait trahi N.I.N. pour U.N., on découvre que son véritable objectif est d’éliminer le Kashin Koji, l’éminence grise au sommet de l’organisation.Pour cela, il essaie de former une alliance entre U.N. et les genin contre leur ennemi commun. Pendant ce temps, Miracle Hibi, qui n’est plus que l’ombre de lui-même, vient informer Jûnirô d’une nouvelle mission. À cette occasion, il révèle des informations pour le moins étonnantes sur N.I.N...

Alors que Jûnirô et M. Oono jouent aux échecs, Toto entraîne Noguchi jusqu’à la résidence du quartier de Nerima pour parler à “junior”. Tout ce petit monde est bientôt rejoint par Mlle Kawado, qui, s’ennuyant ferme leur propose de boire un verre. Au même moment, U.N. entre en contact avec N.I.N. par l’intermédiaire de Ryûko qui s’imagine que sa dernière heure a sonné. Mais Kayama repart du restaurant où travaille le genin sans avoir causé plus de dégâts que cela et sans que personne ne sache quel était son but réel...