Mi-garçon, mi-fille, Mashiro Ichijo rêve de devenir un lycéen normal. Un jour, il est convoqué dans une infirmerie secrète, afin de suivre un « cours après les cours » qui lui permettra de réaliser son souhait et de quitter le lycée. Lors de cette première séance onirique, il rencontre Kuréha, qui lui apprend que les élèves s'affrontent sous leur véritable apparence, différente de celle qu'ils possèdent dans la réalité, pour passer l'épreuve. Oscillant entre ses deux sexes, il doit trouver sa voie pour quitter ce jeu cruel.

Le secret de Mashiro a été dévoilé par un participant en armure ! Irrité par ce cours qui remue le couteau dans les plaies de son coeur, Mashiro décide de protéger les filles sans défense comme Kuréha. Qui est celui qui a dévoilé le secret de son corps ? Mashiro ne peut s'empêcher de penser aux autres participants, tous élèves de son lycée. C'est alors que So, un garçon qu'il préférait éviter, lui déclare soudainement : "Tu es une fille", avant de l'embrasser de force !

Dans le 2e tome de L'Infirmerie après les cours, Mashiro faisait la connaissance d'un nouveau participant, Shinonomé, qui a le pouvoir de percer à jour la véritable apparence des autres élèves du cours. Celui-ci lui proposait alors de lui révéler l'identité de tous les lycéens de ce cours étrange et en particulier celle de l'Armure, personnage qui a exposé aux yeux de tous le terrible secret de Mashiro, en échange de sa protection et de la clé qui permet de quitter le monde des rêves. Dans ce 3e tome, Mashiro devra faire face à son pire ennemi : lui-même...

Mashiro se demande si celui qui a révélé son secret aux autres participants du "cours après les cours", ne serait pas So. Pour obtenir la réponse, il décide de l'affronter en acceptant son baiser... Cependant, son ami Shinbashi les surprend...

Suite au sacrifice de Shinbashi lors du dernier cours à l'infirmerie, Mashiro est désormais résolu à assumer pleinement son identité d'homme. Il repousse ainsi définitivement les avances de So, précipitant ce dernier dans les bras de sa soeur Aï, bien décidée à s'accaparer l'amour de son cadet et à faire disparaître Mashiro du lycée afin de préserver son frère. Bien que les deux jeunes hommes déploient de grands efforts pour s'ignorer et se détacher progressivement l'un de l'autre, le nouveau cours de l'infirmerie apporte son lot de révélations, tandis que Kuréha et Aï font tout ce qui est en leur pouvoir pour se rapprocher de celui qu'elles aiment, même s'il leur faut pour cela être cruelles et dévoiler certaines vérités.

Depuis leur nuit ensemble, Kuréha et Mashiro filent le parfait amour ; la première ayant vaincu ses démons, et le second assumant enfin pleinement son identité masculine. Pourtant, Mashiro est encore ébranlé par la révélation d'Aï : So n'est autre que l'armure qui a révélé son secret lors du premier cours à l'infirmerie. Convaincu que l'apparence des participants dans les rêves prime sur la réalité, Mashiro renie les sentiments qu'il a pu nourrir à l'égard de So et se prépare en vue du prochain cours, où il a juré d'affronter l'armure. Cependant, l'arrivée d'un nouveau participant prêt à tout pour quitter le lycée vient changer la donne : Mashiro, qui n'a pu défier So, se voit asséner ses quatre vérités. Furieux et bouleversé par ces paroles, il cherche consolation auprès de Kuréha, qui, à son plus grand étonnement, les approuve. Désormais privé du soutien et de l'amour de Kuréha, Mashiro en vient alors à reconsidérer son apparence dans les rêves, son identité sexuelle ainsi que sa motivation quant au suivi des cours de l'infirmerie.

Troublé par le cadeau de Ohara, une des participantes au cours, les certitudes de Mashiro vacillent... Dans la réalité comme dans les "cours", il se débat entre ses deux identités. Se sentirait-il plus femme qu'il ne le pensait? Les "cours" ont néanmoins eu un rôle de révélateur et avec eux a pris fin l'histoire d'amour qui liait Mashiro à Kuréha. Cette dernière s'efforce toutefois de se montrer impassible et enjouée, malgré la trahison de la seule personne en qui elle avait placé sa confiance. Inquiet de la voir se comporter ainsi, So se rapproche de la jeune fille, sous couvert de se venger de Mashiro. Mais leur intimité croissante et évidente va mettre à mal les sentiments de ce dernier... Une avancée en eaux troubles dans les méandres de l'adolescence...

"Peu importe ce que tu es, je t'accepterai..."  Mashiro a enfin réussi à avouer ses sentiments et ces paroles viennent mettre le trouble dans le coeur de So. Kuréha, forte de sa résolution, participera-t-elle de nouveau au "cours" !?

Mashiro se sent irrésistiblement attiré par So... Et après maintes hésitations, il finit par lui avouer son amour. Mais ce dernier se met à soutenir qu'il ne le considère peut-être que comme un moyen pour oublier sa soeur, Aï. Mashiro, sous le choc, se confie à Kurosaki. Mais celui-ci, habituellement bienveillant, le rejette brutalement...

Malgré les liens puissants qui les unissaient, So finit par se délivrer de l'emprise de sa soeur au cours du rêve. Mais pour Mashiro, qui croit à tort qu'il n'a pas été choisi, le choc est brutal. Au réveil, le monde qu'il retrouve semble ne plus être le même... Tout ceci a-t-il jamais existé ? Kuréha et So sont-ils amants ? Qui est véritablement Mashiro ? Quelle est donc la révélation qui attend ceux qui franchissent le portail ?