Mashiro vit depuis treize ans confinée dans une pièce unique. Le monde extérieur, elle le découvre à travers les livres et l’étroite fenêtre de sa chambre. Descendante d’une lignée de prêtresses/miko qui accueillent dans leur chevelure dieux et déesses pour leur offrir le repos, Mashiro est un être précieux aux yeux de sa famille... Ou plutôt, un outil irremplaçable. Un jour, enfin, Mashiro ose sortir de sa chambre. À partir de là, de son apparence physique à ses convictions, plus rien ne sera plus comme avant.

Mashiro vit désormais dans un sanctuaire avec Hayate et Hinokagu, le dieu du feu qui l'a aidée à s'enfuir de chez sa tante... Mais Midori Kamitsuka, le maître des lames, se lance à sa poursuite et l'attaque violemment, heureusement, un nouveau dieu surgit de la chevelure de la jeune fille, il s'agit de Takemika, le dieu de l'épée et de la foudre ! Il vole à son secours et sauve la jeune fille...Dans le même temps, Mashiro découvre l'école en compagnie de Hayate, qui ne la quitte bien sûr pas d'une semelle  !

Le maître des lames et une mystérieuse miko noire attaquent Mashiro, mais la déesse Sakuya apparaît soudainement pour la protéger. Cette dernière connaissait Aoï, la mère de Mashiro. La fillette découvre que sa mère était une miko très aimée des dieux. Douée et indépendante d'esprit, elle refusait de se soumettre aux désirs implacables des Kamitsuka et de servir leurs intérêts...

Mashiro est à nouveau prise pour cible par les Kamitsuka. Sous ses yeux, la miko noire veut lancer le rituel du revirement des dieux, qui permettrait de combler les désirs de cette terrible famille. Mais Hinogaku et Mashiro ont d'autres préoccupations car la vie de Hayate est toujours en suspens. Pour le sauver, ils partent à la recherche du grand miroir sacré...

Les Kamitsuka sont déterminés à récupérer les dieux dans les cheveux de Mashiro. La miko noire parvient à lui voler une mèche et ainsi le dieu qu’elle renferme, Tajikarao. Grâce à un nouveau rituel, le revirement des dieux, la miko noire provoque la colère de Tajikarao et réussi à le manipuler. Mashiro, pour se défendre, fait apparaître le dieu Takeru Yamato, le combat commence…

Pour la première fois depuis treize ans, Mashiro retrouve sa mère et Hayate, son père. La mère de Mashiro, Aoï, n'a plus de force. Pour honorer sa mémoire et arrêter les Kamitsuka, Mashiro se lance dans un apprentissage de l'extrême. À la découverte du passé de sa famille et des dieux, c'est la roue de son propre destin que Mashiro met en branle !

Face aux Kamitsuka qui ne cherchent qu'à exploiter les dieux, Mashiro veut plus que jamais protéger les dieux. Elle n'est pas seule pour affronter la miko noire et les Kamitsuka, mais dans toute bataille, chacun suit ses propres convictions. Des surprises sont au rendez-vous !

Izanami, la déesse de la mort, est apparue des cheveux de la miko noire. Alors qu'elle plonge petit à petit tous les humains et dieux dans l'au-delà, Mashiro se voit obligée de puiser des forces au plus profond d'elle-même. Voici venue l'heure d'un retour des dieux à grande échelle !