Il y a de cela plus de mille ans, le monde était divisé en deux puissants pays de force égale  : l'empire de Barsburg, sous la protection divine de l'OEil du dieu Raphaël, et le royaume de Raggs, protégé par l'OEil du dieu Michael. Lorsque Raggs fut anéanti par la puissance prodigieuse de Barsburg, le destin du monde bascula, en même temps que celui de Teito Klein, un jeune garçon orphelin qui, mystérieusement, n'a plus aucun souvenir de son passé...

Dans l'Église de l'Empire où il a trouvé asile, Teito Klein est confronté à un Kor , un émissaire du Dieu de la Mort, mais les étranges évêques qui l'ont recueilli interviennent pour le sauver. Dépassé par les événements, Teito retrouve ses repères quand il est rejoint par son ami, Mikage. Mais celui-ci, comme possédé par une force démoniaque semblable à celle des Kors, s'en prend violemment à Teito... Libérant du même coup un pouvoir incommensurable qui sommeille au plus profond du jeune garçon. Le secret que la mémoire de Teito renferme, dernier vestige du royaume déchu de Raggs, s'apprête à être révélé...

Offrant de l'aider dans sa vengeance contre l'Empire, l'Église propose à Teito, qu'elle sait habité par l'OEil de Michael, de passer l'examen d'évêque. Ce que le jeune garçon accepte en suivant un entraînement rigoureux aux côtés de Hakuren, son camarade de chambre qui a Frau pour modèle. Mais une sombre affaire de meurtre trouble l'harmonie du sanctuaire : un magicien noir contrôlant les kors semble rôder dangereusement... Au même moment, des membres de la garde d'Ayanami, infiltrés au sein de l'Église, s'en prennent à Teito et Hakuren pour pousser le dieu Zehel à se manifester.

Alors qu'il porte encore le deuil du père Bastien de qui il avait tout appris, Frau doit déjà faire face à une nouvelle menace. Derrière la récente série de meurtres se cachait en fait une manoeuvre d'Ayanami. Ses redoutables Blackhawk déferlent sur l'Église, posant aux évêques protecteurs du lieu saint de sérieuses difficultés. Le but de leur opération : déposséder Teito de l'OEil divin qui l'habite...

L'examen qui déterminera la nouvelle génération des évêques de l'Église  est sur le point de s'achever... Mais l'assassin du roi de Raggs fait son apparition pour se dresser à nouveau face au dernier survivant de ce royaume décimé. Parallèlement, Hakuren se confronte au dilemme de son existence : aimer ou haïr son géniteur.  À  la suite de ces événements, un périlleux voyage à la rencontre des sept mystérieux God House attendra le jeune Teito, lancé sur les traces du prêtre de ses souvenirs.

Teito a poussé les portes de la première des God House dans laquelle il devra obtenir son premier ticket ensorcelé : la Maison Hausen. À l'intérieur, il découvre les armoiries de Fest, un des seven ghost incarné par un évêque qui ne lui est pas inconnu : Castor. Mais entre ces murs, ce dernier est appelé Shenglu et a été le treizième chef du clan Hausen avant de trépasser dans de tragiques circonstances...

Teito poursuit sa quête vers Seele et se rend au 5e district, l'ancien royaume de Raggs. Ce territoire, qui l'a vu naître, fait rejaillir des souvenirs profondément enfouis dans sa mémoire. Toujours à ses côtés, Frau a du mal à contenir l'entité qui l'habite et qui menace la vie de son apprenti... Parallèlement, Hakuren, devenu lui aussi apprenti évêque, décide de s'engager dans sa propre voie.

Dans le château de Raggs, Teito continue de rassembler les pièces éparpillées de son passé qui le lie à Fea Kreuz. Nourrissant des doutes sur ce dernier ainsi que sur les archives du tombeau des premiers Seven Ghost, Castor et Labrador décident de solliciter l'un des leurs, Relikt. Ce dieu remonte alors le cours des souvenirs pour lever le voile sur les événements d'il y a dix ans, qui impliquèrent l'énigmatique Boîte de Pandore tant convoitée par le sombre Ayanami.

Sur les terres de sa patrie d'origine, Teito a découvert que la Boîte de Pandore n'était autre que lui. Alors qu'il arrive à la prochaine God House, la maison Klart, il croise en chemin l'angélique et intrigante Ôka. Celui qui a été choisi par l'OEil de Michael jurerait avoir déjà rencontré cette jeune fille avec laquelle il semble être entré en résonance...

Teito et ses amis continuent leur périple et arrivent à la ville portuaire de Neil, auprès de Lutia, la mère de Capella. Si les retrouvailles entre le fils et sa mère sont émouvantes, il n'en reste pas moins qu'un danger menace cette dernière. Engagée pour sa ressemblance par Rena, la future héritière de l'opulente famille Almarz, Lutia doit se faire passer pour la mère de la jeune fille, en réalité morte empoisonnée, et ce, afin de repousser la convoitise de l'entourage jusqu'à ce qu'elle atteigne l'âge légal d'accession à sa fortune. Teito et Frau parviendront-il à protéger la résidence Almarz et permettre à Capella et Lutia de retrouver le bonheur ?

Afin de se rendre dans le 1er district, Teito et Frau participent à la course de Hawkzile organisée par l'empire de Barsburg. Tout se déroule pour le mieux pour les deux concurrents, mais, entre deux étapes, alors qu'ils passent la nuit au château de Verneza, Teito découvre le vrai travail de Frau et se fait attaquer par les ténèbres de Zehel. Englouti dans l'obscurité, quelle voie choisira Teito maintenant qu'il connaît le passé de Frau ?

Alors que la course de hawkzile bat son plein, Teito perd tout à coup connaissance lorsqu'il aperçoit l' OEil de Dieu . Son passé, ainsi que de nombreux douloureux souvenirs, ressurgissent alors du fond de sa mémoire. Il est désormais fermement décidé à atteindre la prochaine God House, mais il va devoir faire face à une attaque des Blackhawk, qui se sont dissimulés parmi les concurrents de la course !

Ayanami a compris que, même en tuant Teito, la boîte de Pandore ne s'ouvrira pas. Il décide alors d'utiliser le système de lavage de cerveau du laboratoire de la cour afin de le pousser à l'ouvrir de lui-même. Le chef d'état-major implante ainsi de faux souvenirs dans la mémoire du jeune garçon, lui faisant croire qu'il est son begleiter. Mais, durant les funérailles du maréchal Oak, Teito se retrouve face à la famille de Mikage et des souvenirs ressurgissent...

Toujours amnésique, Teito devient le fils adoptif de la maison Barsburg afin de mener à bien sa nouvelle mission : protéger la princesse Ôka, bientôt en âge d'accéder au trône. En effet, sur les conseils d'un fauteur de guerre, l'empereur complote l'assassinat de la future impératrice durant le bal costumé où seront présents les prétendants à la main de la princesse, parmi lesquels Teito. Le trio d'évêques infiltre et décide d'intervenir pendant le bal qui s'annonce très agité...

La princesse Ôka est encore sous le choc de sa mémoire retrouvée. Réplique créée en laboratoire, elle a servi de substitut à la véritable princesse, morte à l'âge de 3 ans alors qu'on tentait de la faire entrer en résonance avec Raphaël. Pendant ce temps, Teito se confronte à Wolfram, père d'Ôka et empereur de Barsburg, et l'interroge sur l'ombre noire tapie en lui. Il apprend alors que le souverain, incité par le fauteur de guerre, avait déclenché un conflit contre le royaume de Raggs afin de mettre la main sur Milaya, dont il était éperdument amoureux. Une femme liée à Teito...

Kal, désireux de sauver son ancien ami, parvient à piéger Eher dans le Livre des Morts pour lui apporter le salut. Mais Eher, submergé par les ténèbres des humains qu'il voulait purifier, refuse la main tendue et élimine le seven ghost. Alors qu'il se rapproche de Teito pour libérer le corps de Verloren et mettre son plan d'extermination à exécution, le jeune garçon retrouve enfin Frau. Ensemble, ils réussissent à vaincre Landkarte. Mais Teito est rattrapé par une autre réalité : son corps ne pouvant plus être guéri, il demande à Frau de remplir sa fameuse promesse...

L'OEil de Michael ne répond plus. La seule solution que Frau a trouvé pour ne pas avoir à tuer de ses mains Teito et pour éviter la libération de la boîte de Pandore est de fusionner avec la faux de Verloren. Incapable d'accepter le sacrifice de son mentor, le garçon se laisse guider par une mystérieuse jeune femme et décide de pénétrer les profondeurs psychiques de son compagnon. Là, il lui promet de se battre à ses côtés. L'ultime combat contre Ayanami venu récupérer le corps et la faux de Verloren est sur le point de commencer...