Un virus étrange a fait son apparition dans le monde. Baptisé "Bio Bug", il crée des "trous" de formes diverses sur les mains de l'individu contaminé, permettant ainsi à ce dernier d'absorber un objet de son choix et de fusionner avec. Si le résultat peut se révéler utile ou remarquable, il peut également être des plus terrifiants. C'est en effet ce dont va faire l'expérience Fujii, un jeune lycéen, lorsqu'il écope d'un bug à chaque main. Aidé d'autres "bugglers" : la douce Fumiho, pour laquelle il se meurt d'amour, le brillant Hosa et Kiwako, il va devoir apprendre les règles qui régissent ce nouvel aspect de sa vie. Mais également se protéger du groupe d'assassins sans pitié qui ciblent et déciment leurs semblables : les Biorg Hunters...

La fête d'anniversaire bat son plein et Fumiho Enomoto, bien qu'inquiète de l'absence de ses amis, est loin de se douter des combats sanglants qui se déroulent dans l'ombre. Pour sauver Hôsaka, au seuil de la mort, Fujii a décidé de l'aspirer pour fusionner avec lui. Les deux garçons, qui cohabitent à présent dans un seul et même corps, forment une nouvelle entité : un biorg , un bio bug spécialisé dans le combat. Mais malheureusement, le biorg hunter a désormais toute légitimité pour déployer ses forces et l'éliminer. Fujii va rapidement devoir s'adapter à la situation et à ses nouvelles capacités pour espérer sortir vivant de son premier affrontement...

Fujii se réveille sans réellement avoir conscience de ce qui lui est arrivé. Mais la situation n'a pas échappé à Kiwako : sa fusion avec Hosaka finira par provoquer l'annihilation de l'une des deux personnalités. C'est alors qu'une solution, pour le moins radicale, lui apparaît lors du retour de Matsukage. Cette dernière a trouvé le moyen de revenir... mais à quel prix ! Soutenue par un allié puissant, elle a repris forme humaine, devenant quasi immortelle. La tendance est renversée, de chasseurs, les biorg hunters pourraient bien devenir les proies...

Ouranos, qui se cache derrière l'identité du délégué, porte in extremis secours à Fujii et Hosaka, non sans leur avoir fait avant une proposition alléchante. S'ils acceptent de rejoindre le rang des biorgs dont il est le chef, il défusionnerait les jeunes lycéens et guérirait aussi les blessures de Hosaka. En gardant en tête leur priorité commune de protéger Fumiho, Fujii n'a que quelques jours devant lui pour choisir un camp dans la bataille qui s'annonce et trouver des réponses aux mystères qui l'entourent...

Chieri Matsukage, alliée d'Ouranos, a attaqué et détourné de sa propre initiative le vaisseau de Necro Maria. Fujii, toujours en formation, est alors mobilisé pour intervenir. Mais tandis qu'il vient pour la libérer, Necro Maria adopte un comportement pour le moins inattendu face à sa kidnappeuse. De son côté, Kiwa ,déjà perturbée par sa récente découverte concernant Fumiho, sombre dans la terreur lorsqu'elle voit le nouveau biorg hunter qu'est devenu Fujii. C'est dans ce climat de confusion que se révèle l'identité de la troisième personne qui compose "Trinity"...

Alors que Chieri continue son entraînement auprès du délégué, une toute autre scène se joue du côté de Fujii. En effet, déterminée à sauver l'homme qu'elle aime, Kiwako a mis sa vie en péril en plongeant en lui pour arracher Hosa des griffes de son ancien formateur. À l'intérieur, la jeune fille s'égare et tombe sur un trou différent de celui par lequel elle est arrivée. Mais qu'elle n'est pas sa surprise lorsqu'elle comprend que ce dernier est directement relié à Fumiho ! Trop curieuse pour prendre conscience du danger, Kiwako s'y engouffre et se retrouve alors... dans la peau de sa rivale !

L'ultimatum d'Ouranos arrive à son échéance. Depuis leur dernière rencontre avec Fujii, les deux parties savent qu'il n'y a plus de retour en arrière possible dans cette guerre qui s'annonce dévastatrice. Fujii se perfectionne alors dans le maniement des armes auprès de Hosa afin de prendre une part active dans cette bataille entre hunters et biorgs. Toutefois, l'imminence des événements le pousse à accepter l'inévitable : s'il veut sauver celle qu'il aime, il va devoir laisser de côté sa conscience, voire se sacrifier pour mener à bien sa mission. Poussé dans ses extrémités, il va trouver le courage d'enfin laisser parler son coeur...

Pour donner à Fumiho un corps et sauver le monde, Fujii n'a eu d'autre choix que de lancer l'offensive. Nullement décontenancé, Ouranos déploie Spica et barricade le lycée. Toute intervention extérieure de l'armée devenue impossible, la guerre totale entre Hunters et Biorgs est désormais engagée ! Tandis qu'Hosaka se retrouve à affronter le n° 2, Rigel, dans un combat dévastateur, Fujii et Kiwa sont encerclés par l'élite des 21 étoiles...

Deneb, le plus puissant des 21 étoiles, est enfin apparu. Malgré l'arrivée en renfort du biorg hunter n° 1, à savoir Sa Seigneurie Necro Maria en personne, Fujii et sa bande ne sont pas de taille face à un tel ennemi. Or le jeune homme, prêt à tout pour protéger les personnes qu'il aime, choisit de l'affronter en lui offrant un adversaire à sa hauteur : Hosa. Une bataille à couper le souffle est sur le point de se livrer ! En parallèle, la vérité se dévoile, peu à peu, sur le jour fatidique où tout a basculé...

Fujii a été projeté quarante ans en arrière dans un monde sans biorg ni hunter. Troublé par tous les petits détails qui l'entourent, le jeune garçon comprend qu'il ne navigue pas dans ses souvenirs, comme il le croyait, mais qu'il est réellement dans le passé ! Un passé dans lequel ses actes influent sur le futur. Mû par son amour, Fujii décide de découvrir l'identité de l'assassin de Fumiho et de briser la spirale infernale...

Toujours plongé dans le passé, Fujii fait des sauts dans le temps autour de la date du meurtre de Fumiho. Il ne reste plus que trois jours avant la fatidique échéance pour tenter de découvrir l'identité de l'assassin et, surtout, une façon de sauver la jeune fille. Il semble enfin tenir la bonne piste, mais parviendra-t-il à élucider à temps ce grand mystère, alors que l'attaque des biorgs redouble d'intensité ?!

Le monde est un circuit fermé et l’existence d’Hosa en a bouleversé le cours. C’est armé de la raison fondamentale cachée derrière cette révélation que Fujii réintègre le présent et se tient fin prêt à vaincre Ouranos. Toutefois, bien qu’ayant découvert que Fumiho était sa propre meurtrière, le mystère reste entier quant à la prière désespérée derrière ce suicide. Une prière que Fujii aimerait parvenir à exaucer… Pendant ce temps, le combat entre les Hunters et les Étoiles fait des morts dans les deux camps. Les masques tombent et le voile de la vérité se déchire.

La conclusion de l’histoire doit absolument être réécrite. Repartie dans le passé, Fumiho s’obstine à réabsorber le monde pour relancer la boucle temporelle et Fujii et Hosaka ignorent comment l’en empêcher. Ils continuent de chercher désespérément une solution pour contrecarrer la mort de la femme qu’ils aiment et aboutir à un happy end. Pendant ce temps, Matsukage tombe sur le livre de sa vie et découvre le rôle qu'elle pourrait jouer pour faire voler la boucle en éclats…

La trajectoire amoureuse est comme un miracle. Grâce à leurs sentiments sincères, Fujii, Fumiho, Shôji et Kiwako ont brisé la boucle. Dans une série d'épilogues, chacun transforme à leur manière ce monde bien trop étriqué et chamboule l'inéluctable conclusion de l'histoire. Une page se tourne alors pour offrir une fin digne de ce nom à ses protagonistes. Retrouvez également l'univers de Biorg Trinity dans une nouvelle intitulée Le vélo !