Tandis que Roberta s'enfonce toujours plus dans sa folie meurtrière, le petit Garcia est confronté à ceux qui ont tué son père. Roanapur sombre dans le chaos et, au milieu de ce carnage, l'équipage du  Black Lagoon  tente d'empêcher que la ville soit définitivement rayée de la carte. Mais c'est au coeur de la jungle que le commando américain et le Chien de Chasse de Florencia vont enfin se confronter aux fantômes du passé et parvenir au terme de leur périple.

La guerre est déclarée ! Roberta a terminé ses préparatifs et s'apprête à attaquer le commando Grey Fox. Revy recrute de vieilles connaissances pour la ramener à la raison, mais cela suffira-t-il à éviter de mettre Roanapur à feu et à sang ? Une fois encore, le jeu des alliances va plonger l'équipage du Lagoon au coeur de la déferlante.

Après l'assassinat de Garcia Lovelace au Vénézuela, Roberta, la terroriste devenue servante, débarque à Roanapur avec la ferme intention de remuer ciel et terre pour retrouver les coupables. Mais quand les mafias prennent conscience que cette sombre affaire implique jusqu'à l'armée américaine, elles décident de se débarrasser de la gêneuse. Et bien entendu, c'est à la bande du Black Lagoon qu'ils font appel pour affronter le chien de chasse de Florencia.

A peine Rock et Revy sont-ils revenus du Japon qu'un faussaire débarque à Roanapur pour demander refuge à l'église de la Violence, déclenchant une pluie de balles sur la ville. à l'autre bout du monde, une bombe vient troubler le calme dans lequel les Lovelace vivaient depuis peu. Malgré les supplications de son jeune maître, la terrible Roberta se met en chasse contre les coupables.

Pour sauver Yukio de ses ravisseurs, Rock et Revy forment une alliance contre-nature avec Ginji, du clan Washimine. Mais ce n'est pas du goût de BalalaÏka, dont les relations avec les yakuzas ne font qu'empirer. Alors que la spirale de violence s'emballe, Rock doit questionner sa morale et sa loyauté, et découvrir pour quoi il se bat.

En mission à Tokyo pour négocier des accords avec les yakuzas du clan Washimine, Balalaïka engage Rock comme traducteur et Revy pour le protéger. Mais les Washimine ne savaient pas ce qu'une alliance avec l'hôtel Moskva signifie, et quand la pression augmente entre les deux parties, Rock et Revy se retrouvent confronté à un adversaire comme ils n'en ont jamais vu.

Pour arrêter Hansel et Gretel, les deux tueurs psychopathes qui ont débarqué à Roanapur, Balalaïka décide de s'allier aux triades et la situation devient parfaitement incontrôlable. D'autant plus qu'une organisation terroriste trame dans l'ombre une attaque contre les triades. Une fois encore, le jeu des alliances va jeter l'équipage du Black Lagoon dans une spirale de violence.

ça devait être une simple mission de repêchage en eaux troubles, jusqu'à ce qu'une bande de néo-nazis bas du front se mêle de la question. Revy décide alors de les prendre en chasse et entraîne tout l'équipage du Black Lagoon dans une course à la mort dont ils ne reviendront pas indemnes...

Quand son bateau est pris en otage par les mercenaires du Black Lagoon, Rokurô Okajima est convaincu que ses patrons vont tout faire pour le sauver. Mais quand il comprend que leur véritable intention est d'effacer toute preuve de sa mission, il se retrouve obligé de faire équipe avec ses kidnappeurs. Entre lui et sa liberté ? Une armée de tueurs et une tornade de coups de feu !!

Garcia, Roberta et les autres quittent Roanapur, laissant Rock rempli de doutes et d'interrogations. Au même moment, Jane, la jeune fille mêlée à l'affaire des faux billets, fait son retour en ville pour faire passer un test à une Chinoise nommée Feng Yifei qui demande à intégrer son équipe de hackers. Mais la faussaire a vu clair dans le jeu de la candidate et lui tend un piège...

Pour empêcher Féng, l'espionne chinoise à la tête mise à prix, de se faire tuer, Rock doit comprendre qui lui a tendu un piège et pourquoi. Malheureusement, entre la mafia sicilienne et la pègre albanaise, l'armée populaire de Chine et la CIA, les intérêts divergents se multiplient. Et Revy croupit dans la prison de Roanapur, en compagnie de chasseurs de primes bien décidés à sortir par la manière forte. Comment démêler ce nouveau casse-tête mortel sans la porte-flingue du Lagoon ?

Un groupe de cinq tueuses en costumes-cravates sèment le trouble à Roanapur, abattant coup sur coup plusieurs cibles ayant pour seul lien d'être des hommes noirs de grande taille. Chang décide de prendre le taureau par les cornes et, voyant l'intérêt de Rock pour cette affaire, l'embauche afin de mener l'enquête. Seul indice à sa disposition, les cinq assassins sont fixées sur une date : le 19 septembre 1989. En parallèle, Dutch semble faire profil bas... Le capitaine du Black Lagoon se sentirait-il lui aussi menacé ?

Suite à la capture du “Majeur”, Rock et ses compagnons sont parvenus à obtenir des informations sur les “Cinq Doigts”, leur cible et l’organisation qui se cachent derrière elles. Après avoir rallié le Majeur à leur cause, la "Réunion de Liaison“ tend un piège au groupe de tueuses en les attirant dans un club où les attendent Balalaïka et les Vyisotniki… À peine ont-elles mis un pied dans l'établissement que la fusillade éclate !