En apparence, Fujimaru est un élève comme les autres. En réalité, c'est un hacker de génie, qui pirate le matériel informatique de personnes malhonnêtes afin de les confondre. Il est connu sur Internet sous le pseudonyme de Falcon (le "Taka" de son nom de famille signifinant faucon en japonais). Fujimaru travaille en étroite collaboration avec la "THIRD-i", une agence gouvernementale secrète dont son père est le sous-directeur et qui oeuvre dans l'ombre pour préserver la sécurité publique sur le territoire nippon. Les capacités hors du commun de Fujimaru lui permettant de pénétrer n'importe quel système informatique sont mises à contribution le jour où l'agence découvre, sur le cadavre d'un ex-agent du KGB, une carte mémoire contenant de troublantes informations...

Le professeur Shikimura est abattu par Jack Damon sous les yeux de son ami Ryûnosuke. Il rend son dernier souffle juste après lui avoir révélé l’endroit où il a dissimulé les informations concernant le virus responsable du « Carnage de Noël ». De son côté, Fujimaru découvre une vidéo confirmant l’alibi de Mlle Orihara pour la nuit du 24 décembre. Il la croise ensuite dans un café et elle l’invite chez elle afin d’évoquer l’affaire dans laquelle son père est impliqué. Fujimaru ignore qu’en la suivant, il s’enfonce de plus en plus dans un inextricable labyrinthe…

Victime d’une conspiration, Ryûnosuke Takagi, le père de Fujimaru, est en cavale pour échapper à la police. Grâce aux résultats de l’analyse du fichier que lui a remis son supérieur, il comprend que son implication ainsi que celle de son fils dans cette menace terroriste n’est absolument pas due au hasard ! De son côté Falcon, soutenu par Otoya, découvre que l’alibi fourni par sa soi-disant professeur n’était en fait qu’une supercherie. La confrontation peut commencer.

Grâce aux conseils d’Otoya, Fujimaru parvient à démasquer Maya et à la capturer. Conduite au bureau du "THIRD-i", celle-ci est soumise à un interrogatoire. Pendant ce temps, Fujimaru s’attèle au déchiffrement des deux fichiers remis à son père et découvre une étrange similitude qui rapproche l’affaire actuelle d’une autre survenue deux ans plus tôt...

Entre les mains des terroristes, Fujimaru est contraint de s’introduire sur le serveur du Third-I pour leur permettre de supprimer le fichier vidéo du Massacre de Noël. Mais jamais à court de ressources, le petit hacker de génie trouve le moyen de tendre un piège à ses ravisseurs...

Le virus "Bloody-X" a été disséminé dans les locaux du Third-i ! Afin de sauver deux agents contaminés, Fujimaru entame une course contre la montre pour déchiffrer le fichier transmis par le professeur Shikimura juste avant sa mort, en espérant qu’il le conduira à l’antivirus capable de contrer la terrible maladie !

Un hacker de génie… Une attaque bio terroriste… Un virus mortel… Votre mission : sauver le monde ! Fujimaru est à la recherche de l’antiviral, seul espoir de sauver les deux agents contaminés ! Il ignore cependant que Maya est infiltrée dans les locaux du THIRD-i et qu’elle compte bien mettre la main sur le remède avant lui ! Pendant ce temps, Otoya et Aoi ont rejoint le père de Fujimaru, mais les terroristes n’ont pas l’intention de les laisser filer si facilement !

Un hacker de génie… Une attaque bio terroriste… Un virus mortel… Votre mission : sauver le monde ! Le piège concocté par les terroristes se resserre. Coincés dans le bâtiment de leur école, Fujimaru et ses amis vont devoir résister à l’ennemi tout en jugulant la menace bactériologique qui rôde dans les couloirs… Pendant ce temps, les malfaiteurs continuent à avancer leurs pions vers l’établissement pénitentiaire où est retenu leur gourou...

Fujimaru, avec l’aide de ses alliés, est parvenu à repousser les terroristes qui les avaient piégés au sein de l’Académie Mishiro. Mais alors que l’équipe médicale procède à l’injection des doses d’antidote aux personnes touchées par le virus meurtrier, l’ennemi réussit à détruire la toute dernière fiole qu’aurait dû recevoir Mako. Une seule solution : récupérer l’antidote nécessaire auprès des terroristes qui sont désormais les seuls à en posséder !

La dissémination du virus qui s’est produite au pénitencier où était détenu Shimon Kamishina n’était, en fait, qu’un simulacre orchestré par Fujimaru et destiné à piéger les terroristes permettant ainsi d’opérer un grand coup de filet ! Acculée, Maya suit les instructions de "K" et exécute le gourou. De leur côté, l’agent Kanô et Otoya réussissent à coincer "J". Alors qu'il est en train de dévoiler leur parenté, Otoya l’abat d'un coup de feu...

Alors que la menace biologique qui planait sur le Japon semblait avoir été jugulée à la suite de la mort du gourou de la secte, Fujimaru découvre que rien n’est encore terminé : les terroristes projettent en réalité de faire exploser une bombe à neutrons ! Ignorant que le véritable mentor de la secte n'est autre que son amie Mako, Fujimaru, Otoya et les agents du Third-i n’ont que cinq jours pour déjouer cet épouvantable plan avant qu’il ne soit mis à exécution !