Deux ans après le démantèlement d’une secte meurtrière, Fujimaru est de nouveau mêlé à un complot terroriste. Et cette fois, c’est rien moins que son propre père qui est dans le collimateur du gouvernement. Que fait-il aux côtés d’Alexei Hino, le pire terroriste de tous les temps, et quelle est cette « boîte de Pandore » que son organisation cherche à récupérer ?

Pour mettre leur plan diabolique à exécution, les terroristes de l’organisation “les francs-tireurs” ont besoin d’une arme appelée le “Troisième tsar”. Pour les contrer, Ryûnosuke Takagi, directeur de la section antiterroriste “Third-i”, s’est infiltré parmi eux, aidé à distance par son fils Fujimaru. Son but : s’emparer le premier du “Troisième tsar” !

Une organisation terroriste a décidé de mettre la main sur le “troisième tsar”, une arme démoniaque capable de tuer des dizaines de millions de personnes. Infiltré parmi les terroristes, Ryûnosuke Takagi est soutenu à distance par son fils Fujimaru, qui se retrouve confronté aux attaques d’un hacker. Père et fils doivent désormais tout faire pour que leur véritable identité ne soit pas révélée !

Les terroristes de l’organisation « francs-tireurs » ont activé une bombe atomique à la puissance terrifiante. Fujimaru et les agents du Third-i ont échoué de peu à les capturer, mais sont parvenus à stopper la bombe. Malheureusement, le père de Fujimaru, Ryûnosuke Takagi, n’est pas sorti indemne de l’opération…

Les terroristes occupent la centrale nucléaire de “Mirai”. Ils ont pris le contrôle du système afin de provoquer une explosion d’une ampleur sans précédent, mais Fujimaru découvre leurs plans et parvient à s’infiltrer dans la salle des serveurs. Il réussit finalement à reprendre le contrôle du réseau, mais se retrouve encerclé par l’ennemi !

Fujimaru et les agents du Third-i sont parvenus de justesse à empêcher la fusion du réacteur, mais les principaux membres de l’organisation terroriste ont réussi à s’enfuir. Hino, le leader des francs-tireurs, se fait cependant tuer après avoir été trahi par le hacker Peter Pan, dont les motivations restent troubles.

Bien que les “francs-tireurs” aient perdu leur leader, Peter Pan refuse d’abandonner le combat et se rend avec un groupe de mercenaires d’élite à Karuizawa, où doit se tenir une rencontre au sommet entre le premier ministre Kujô et le président des États-Unis.

Plus aucun doute, désormais : l’ennemi a l’intention de s’emparer de la “boîte de Pandore”, l’appareil qui contrôle le lancement de tous les missiles nucléaires américains. Pour arriver à leurs fins, les terroristes contaminent le président des États-Unis avec un virus mortel et exigent de lui qu’il leur remette le précieux sésame en échange de l’antidote. Fujimaru parvient dans un premier temps à contrecarrer ses adversaires, mais cela va-t-il suffire ?