Adopté dès son plus jeune âge par un exorciste de renom, Rin apprend un jour qu'il est le fils du mal incarné, quand son véritable père, Satan lui-même, apparaît pour l'emmener dans son monde. Mais impossible pour le jeune homme d'oublier tout ce qui lui a été enseigné jusqu'ici... Confronté à un adversaire invincible qui a consumé le seul homme à l'avoir jamais aimé, Rin fait alors le choix de combattre aux côtés des exorcistes, quitte à libérer, en dégainant l'épée de son père, la puissance démoniaque qui sommeille en lui !

Sous l'oeil attentif de son frère Yukio, Rin poursuit son apprentissage du métier d'exorciste. Mais au cours d'un stage spécial censé préparer les étudiants à l'examen d'été, de puissantes entités démoniaques parviennent à s'introduire sur les lieux !

Rin et ses camarades aspirants exorcistes sont chargés de traquer un fantôme qui hante un parc d'attractions. Amaimon, "roi de la terre", profite de l'occasion pour passer à l'action. Il attaque Rin et lui subtilise le kômaken, le sabre conjuratoire que lui avait remis Shirô, son père. Ses flammes bleues jaillissent alors dans un flux incontrôlable...

Rin et ses camarades participent à un camp d'entraînement qui déterminera s'ils sont aptes ou non à prendre part à des missions réelles. L'objectif de l'exercice est tout simple : rapporter au camp de base une lanterne. Mais elle s'avère si énorme que pour espérer la transporter, il leur faut abandonner l'idée de compétition et s'entraider ! Rin prend alors conscience de l'importance d'avoir des amis pour le soutenir, sans se douter que l'intrigant Méphisto complote encore dans son dos... 

Dans ce volume, un individu masqué a volé l'oeil gauche du Démon Impur, démon qui a tué plus de 40 000 humains à la fin de l'ère Edo. Le voleur a pris un enfant en otage et contaminé plusieurs autres humains. Yukio et tous les soigneurs sont appelés sur place. Rin l'accompagne. Pendant ce temps, Suguro et les autres accompagnent Mephisto Phélès en expédition à Kyôto, leur ville natale...

Le débat qui a lieu lors d'une assemblée de la secte Myôda accable le père de Ryûji, Tatsuma Suguro, sur qui se portent désormais tous les soupçons. À la fois furieux et désireux d'élucider cette affaire, Ryûji décide de mener sa propre enquête. Sous son regard hagard, le véritable traître ne tarde pas à se démasquer !

Chacun en possession d'un oeil du Fujô-Ô, Mamushi et son complice, l'intriguant Tôdô, s'élancent vers le Fudô-Buji, temple principal de la secte Myôda. Mais la jeune fille est loin de se douter du sort qui l'attend dans cet édifice laissé à l'abandon. Le secret sur lequel veillait le supérieur de la Myôda depuis des générations est sur le point d'éclater au grand jour ! (Inclus dans la première édition, un mobile cleaner exclusif !)

Le Fujô-ô s'est finalement réveillé, et sur le Mont Kongô, la bataille fait rage entre le colossal démon et les membres de la secte Myôda. Non content d'avoir libéré le monstre et dompté le flamboyant Garuda, le professeur Tôdô cherche à présent à briser Yukio en faisant remonter à la surface ses peurs enfouies. Loin de se douter de l'épreuve que son frère est en train de traverser, Rin arrive en vue de l'abomination, qui continue de s'étendre et mute progressivement en une gigantesque forteresse organique : le Château du Roi Immonde. Pour le vaincre, Rin n'aura d'autre choix que de maîtriser enfin ses flammes démoniaques.

Ryûji finit par tomber d'épuisement et sa protection magique ne retient plus les miasmes, qui se répandent sur les flancs du Mont Kongô. Rin n'a d'autre choix que de déclencher le sutra du "Kashô-Zanmai", un brasier devant exterminer toute vie sur son passage. La fin du Roi Immonde sonnera donc le glas de ses camarades, si Rin n'arrive pas à contrôler ces flammes d'une puissance inouïe...

Alors que Rin est de retour sur les bancs de l'Académie de la Croix-Vraie, à l'autre bout du monde, le Saint Paladin est sollicité pour combattre la Fujô-ki, la Princesse Putride . Cette résurrection signifie que le Fujô-ô n'était que le prémisse d'un danger bien plus grand : d'autres entités tout aussi maléfiques menacent de revenir sous l'impulsion de ceux que l'on nomme les "mangeurs de démon ... C'est dans ce contexte alarmant que Méphisto convie Rin à dîner en sa demeure pour lui confier une mission spéciale...

Il ne reste plus, à Rin et à ses camarades, qu'un seul des Sept Mystères à résoudre avant que ce dernier puisse obtenir les gouttes qui guériront son nouvel ami, Godaiin. Mais voilà que le démon qui se cache derrière tout ça leur donne plus de fil à retordre que prévu ! Avec Konekomaru aux commandes, l'heure est venue pour la bande de jeunes exorcistes d'enfin faire preuve d'esprit d'équipe. Pendant ce temps, Yukio s'inquiète de plus en plus de sa nature démoniaque potentielle et craint de la voir révélée au grand jour durant son check-up. C'est alors que le Vatican et l'Ordre des Chevaliers de la Croix-Vraie le convoque pour l'interroger sur sa confrontation avec Tôdô...

L'espion de la société Illuminati, durement cuisiné par Lightning, finit par avouer leur sordide plan : kidnapper un élément essentielle pour la suite de leurs opérations, Izumo Kamiki. Pendant ce même temps, la jeune fille affronte seule Mune Takara, un élève mystérieux qui pourrait bien se révéler l'agent infiltré au sein de l'Académie... Alertée alors que le Festival bat son plein, Shura fait appel à Rin et ses amis pour se lancer à sa recherche. Arriveront-ils à temps pour la sauver ?

Désormais prisonnière et cobaye de l'excentrique professeur Gedôin, Izumo parvient tant bien que mal à échapper à sa vigilance... Tout ça pour se retrouver à devoir affronter Renzô, à présent son ennemi. De leur côté, apprenant le terrible passé de leur camarade, Rin et sa bande se précipitent à son secours, mais le piège de la société Illuminati et du mystérieux Lucifer se referme sur eux et les séparent...

Séparés, Rin et ses camarades doivent affronter seuls des zombies qui semblent avoir conservé un soupçon d'humanité. Ne pouvant compter sur l'aide de leurs amis, chacun devra désormais déployer ses propres capacités pour combattre leur adversaire. Pendant ce temps, l'infâme professeur Gedôin s'apprête à transférer Kyûbi dans le corps d'Izumo... La course contre la montre commence !

Faisant appel aux pouvoirs d'Uke et Mike, Izumo parvient à neutraliser l'infâme professeur Gedôin, mais Renzô intervient in extremis pour récupérer l'ignoble savant fou et disparaître avant que les renforts venus de Kyôto n'arrivent. Troublés par les événements et par l'attitude de leur ancien camarade, Rin et ses amis ne sont pas au bout de leurs surprises à son sujet...

Alors que l'Ordre de la Croix-Vraie prend toutes les dispositions pour faire face à la menace de plus en plus pressante de la société Illuminati, pour Rin et sa bande, l'heure est à la récupération. Ils profitent alors d'une journée dans un SPA pour reprendre des forces et retrouver la cohésion du groupe mise à rude épreuve dernièrement. Toutefois Yukio, qui n'ose parler à personne du pouvoir qui sommeille en lui, décide de tirer seul les choses au clair.

Convoqués par Méphisto, Rin et Yukio sont tous deux mandatés pour partir à la recherche de Shura, mystérieusement disparue. Direction la ville d'Aomori, aux abords d'un lac gelé, dernier endroit où elle a été localisée ! Si le voyage prend d'abord une allure de sympathique virée entre frangins, très vite, ils retrouvent la plantureuse exorciste en bien mauvaise posture ! Ils découvrent alors le sombre secret qu'elle dissimule depuis toujours...

Shura accepte de suivre Hashirô dans les profondeurs du lac gelé lorsque les flammes de Rin, qui refuse d'abandonner le combat, ravivent sa volonté de vivre. Profitant de cette attaque, la belle exorciste rejoint la surface, mais le serpent géant n'est pas prêt à la laisser filer... Plus le temps d'attendre les renforts ! Renzô, Yukio et Rin combinent alors leurs forces dans un dernier assaut. Shura réussira-t-elle à se libérer des chaînes de son destin ? De son côté, Lightning mène des investigations à l'Académie pour tenter de démêler les fils qui relient la société Illuminati à l'Ordre de la Croix-Vraie.

Assisté par Ryûji, Lightning a découvert de sombres secrets concernant la mystérieuse « section 13 » et la création d'un curieux « élixir ». Bien décidé à lui tirer les vers du nez, Lightning déboule alors chez Méphisto. Mais ce dernier, loin d'être inquiété par les menaces de l'Arch Knight, se contente de lui indiquer l'emplacement d'un lieu secret qui renfermerait bien des réponses...

Rin et sa petite bande préparent joyeusement leur anniv-Noël qui s’annonce riche en rebondissements ! Durant la fête, Ryûji reçoit un appel de sa famille pour tous les convier à Kyôto, au mariage de Jûzô et Mamushi. Plus tard, Shura rejoint les frères Okumura dans leur dortoir pour leur parler de leur mère, qu'ils n'ont jamais connue. Mais Rin n'attache pas la même importance que Yukio à la découverte de leurs origines, ce qui provoque des dissensions...