Kyôto, 1863. Nio et Iroha, deux jeunes orphelins sont manipulés par deux samouraïs, surnommés « Miburo » par les kyotoïtes, pour servir d'appâts afin d'arrêter un groupe de malfaiteurs kidnappant les enfants dans la capitale. Pour se faire pardonner, Sôji et Hijikata proposent à Nio de devenir le troisième loup. Ce dernier, lassé de voir les injustices de ce monde, accepte, bien déterminé à redresser cette société dont les enfants subissent les travers.

Nio est un jeune garçon qui a intégré un groupe de samouraïs connu sous le nom de Miburo, dont tous les membres sont des hommes au caractère bien trempé, courageux et honnêtes. Alors que Nio commence à se faire accepter dans le groupe, les Miburo sont contactés par le domaine d'Aizu pour une importante mission : mettre cinq dangereux meurtriers hors d'état de nuire.

Nio a rejoint les Miburo, un groupe de samouraïs qui assurent la protection de Kyoto. Pour sa première mission, il doit affronter des assassins sanguinaires et prendre les armes pour défendre sa conception de la justice. Il s'engage dans un combat sans merci face à ces hommes pour qui la justice a une signification différente...!

Les Miburo ont décidé de se faire fabriquer un uniforme. Nio, Hajime et Tarô sont envoyés chez la grand-mère de Nio pour réfléchir à son apparence, sans s'attendre à y découvrir une nouvelle signification au mot « force »... Quand un mystérieux jeune homme franchit le seuil de la boutique, c'est un nouveau combat qui commence pour les Miburo...

Naomizu est membre des « Chi no risshi », un groupe favorable au retour des samouraïs, prêt à assassiner le jeune shôgun Iemochi... Pour le sauver et pour en savoir plus sur la « véritable force », Nio ne pliera pas et ira jusqu'au bout !

Nio fait la connaissance de Nagi, une jeune femme enceinte. Elle dit qu'elle est tête en l'air, mais Nio trouve qu'elle a de la force et du courage... De nouvelles rencontres, une intrigue qui s'accélère... L'affrontement entre les Miburo et les « Chi no risshi » commence...

Les Chi no risshi s'apprêtent à plonger Kyoto dans une mer de feu en allumant des incendies sur les sept ponts qui entourent la ville... Mais les Miburo veillent et l'affrontement commence ! Les adversaires de Harada, de Nagakura et de Hijikata sont particulièrement expérimentés... Pour protéger Kyoto et éviter la défaite, ils vont devoir redoubler d'efforts au point de perdre leur âme dans des combats acharnés !

La bataille entre les Miburo et les Chi no risshi qui veulent détruire Kyoto par le feu fait rage. Nio retrouve Nagi mais ses paroles tranchantes bousculent les convictions du jeune garçon... Kondô et Yôtarô s'affrontent en duel, tout comme Serizawa et Naozumi...

Hajime se rend à la boutique Chirinu-ya pour y rencontrer quelqu'un qui lui propose de rejoindre la garde rapprochée d'un noble... Un épisode qui se terminera malheureusement de façon tragique... Malgré le destin qui s'acharne sur eux, nos jeunes amis continuent le combat et poursuivent leur rêve d'idéal !

Kondô et Nio se rendent chez le commissaire d'Osaka pour rapporter l'incident entre les Miburo et les sumos. Ils doivent faire un choix difficile : appliquer la justice ou répondre à la demande de Tarô ? Les Miburo organisent une journée de recrutement pour gonfler leurs rangs. En introduisant de nouveaux membres dans le groupe, l'écart se creuse de plus en plus entre les partisans de Serizawa et ceux de Kondô...

Un tragique événement secoue les Miburo et pousse encore plus Serizawa dans ses retranchements. Il a échoué dans sa mission de protection et Hijikata prend une décision radicale à son égard. Pendant ce temps, un coup d'état éclate au sein du palais impérial. Les Miburo, mandatés par le domaine d'Aizu, s'y rendent mais on les empêche d'entrer. C'est quand ils sont sur le point de faire demi-tour que la situation se détend grâce à l'intervention d'un homme...

Hijikata a mobilisé des hommes pour exécuter Serizawa. Chacun a une mission précise. Celle de Hajime consiste à sauver Tarô qui fait une confiance aveugle à Serizawa... Un matin, Nio comprend, grâce aux indices laissés par Niimi, que Hijikata et ses hommes vont agir le soir même. Nio devra faire des choix, car il sait qu'il ne pourra pas sauver tout le monde...

Le jour de l'assassinat de Serizawa est arrivé. Mais le colosse n'est pas homme à se laisser faire et résiste à Hijikata et Okita ! De son côté, Hajime tente d'empêcher Tarô de rejoindre son mentor. Entre loyauté et amitié, les deux garçons devront faire un choix ! Honneur, regret, admiration... nos héros sauront-ils surmonter ces sentiments contradictoires ?!

Kamo Serizawa, le premier secrétaire des Miburo, est mort. Les trois jeunes loups – Nio, Hajime et Tarô – renforcent leurs liens d'amitié en dépit de la profonde tristesse qui les touche. Ils apprennent à se pardonner et prennent un nouveau départ ensemble. L'organisation des Miburo, elle, va renaître sous un autre nom...