Boruto et Kawaki voient leur situation inversée. Boruto est considéré comme un traître qui a assassiné Naruto et il est recherché depuis trois ans. Code et les sbires de crasses attaquent le village caché de Konoha et, pendant que Sarada et les autres tentent de réagir, Boruto, qui a bien grandi, fait son apparition ?! Le tourbillon du destin se met de nouveau en action !!

Trois ans se sont écoulés depuis le « grand changement » durant lequel la situation de Boruto et celle de Kawaki se sont inversées. Jûbi, que manipule Code, évolue vers un shinju doté d'une conscience, et le monde doit faire face à une nouvelle menace ! Quant à Sasuke, il a été, lui aussi, absorbé par un arbre... Boruto revient de nouveau au village, mais Mitsuki l'attaque brusquement...!

Les shinju Jûra et Hidari attaquent le village de Konoha. L'équipe 10 Ino-Shika-Chô vient s'interposer lorsque Jûra tente de dévorer Himawari. C'est alors que Kyûbi, qui sommeillait à l'intérieur de Himawari, s'éveille... Par ailleurs, Hidari croise Sarada, et l'affrontement commence. Que vont faire Boruto et Kawaki alors que Konoha se trouve dans une impasse ?