Boruto et Kawaki voient leur situation inversée. Boruto est considéré comme un traître qui a assassiné Naruto et il est recherché depuis trois ans. Code et les sbires de crasses attaquent le village caché de Konoha et, pendant que Sarada et les autres tentent de réagir, Boruto, qui a bien grandi, fait son apparition ?! Le tourbillon du destin se met de nouveau en action !!

Trois ans se sont écoulés depuis le « grand changement » durant lequel la situation de Boruto et celle de Kawaki se sont inversées. Jûbi, que manipule Code, évolue vers un shinju doté d'une conscience, et le monde doit faire face à une nouvelle menace ! Quant à Sasuke, il a été, lui aussi, absorbé par un arbre... Boruto revient de nouveau au village, mais Mitsuki l'attaque brusquement...!