Negi Springfield, 10 ans, est envoyé en mission au Japon en tant que professeur d’anglais dans un collège de filles pour valider son diplôme de magicien. Le garçon n’est pas au bout de ses surprises, entre révisions, combats et magie, l’aventure commence...

Negi a obtenu son diplôme de magie et devient professeur principal de la 3-A. Mais alors qu’une nouvelle année commence, des agressions ont lieu les soirs de pleine lune sur le campus de l’école... Negi et la 3-A partent à Kyôto sous couvert de voyage scolaire car le jeune magicien est à la recherche d’indices concernant son père...

Le voyage de classe à Kyoto se poursuit, et tandis que Negi réfléchit à la déclaration de Nodoka, les filles organisent une compétition très spéciale... Alors que Negi cherche toujours à remettre sa lettre au directeur de l’association de magie du Kansai, il découvre que celui-ci n’est autre que le père de Konoka...

Negi décide d’apprendre le Kung-Fu avec Ku-Fei, et de s’améliorer en magie grâce à Evangeline pour pouvoir défendre au mieux ses élèves. La jeune fille lui mène la vie dure, mais le petit magicien est bien décidé à ne pas baisser les bras...

C’est la fête de l’école à Mahora qui est en pleine effervescence. Sur une idée de Negi les filles de la 3-A tiennent une maison hantée, attraction qui remporte un franc succès ! De leur côté, Negi et Kôtaro s’inscrivent à un tournoi d’arts martiaux...

Le tournoi d’arts martiaux de la fête de Mahora débute enfin. Après des éliminatoires qui ont permis aux favoris de se distinguer, les affrontements les plus attendus surviennent. Negi porte déjà les marques de ses premiers combats, brillamment remportés, alors qu’Asuna et Setsuna se préparent à s’affronter. Pendant ce temps, Evangeline enchaîne les victoires, et Kotarô doit faire face à ce qui s’annonce comme son plus grand défi...

Le tournoi de Mahora aborde son dernier virage avec l’annonce des demi-finales... Mais au même moment, la rumeur enfle concernant la présence de magie. Le secret du jeune prof restera t-il bien gardé ? Ça y est, la compétition est enfin terminée, mais pour Negi, un nouveau problème s’impose : plus de la moitié des filles de la classe connaissent désormais son secret et il semble bien difficile d’arriver à leur faire tenir leur langue...

Asuna se rend, le coeur battant, à son rendez-vous avec M. Takahata, bien décidée à lui faire part de ses sentiments. Pendant ce temps, Tchao Linshen est toujours résolue à révéler au monde entier l’existence de la magie. Elle défie ouvertement Negi qui semble incapable de l’arrêter lorsqu’elle lance son sort de reconnaissance de la magie.

Negi et ses élèves ont réussi à remonter d’une semaine dans le temps ! Une petite victoire avant un affrontement majeur car Tchao redouble d’efforts pour mettre son plan à exécution, provoquant des combats sur plusieurs fronts... Heureusement, la lutte entre Negi et Tchao se termine et la vie à Mahora retrouve peu à peu son calme, avec les vacances d’été qui se profilent déjà à l’horizon...

Voilà enfin les vacances d’été, et avec elles, la promesse de moments de détente pour toutes les élèves de la 3-A, exception faite de la pauvre Asuna, qui doit réussir une épreuve redoutable imposée par Eva. Pendant ce temps, Negi, entouré de quelques élèves, prépare son voyage en Angleterre. En retournant dans son pays natal, il pense avoir une chance de retrouver son père...

L'arrivée dans le monde magique tourne au cauchemar : Negi est attaqué avec violence par Fate et frôle la mort. Lui et ses élèves se retrouvent ensuite dispersés aux quatre coins de cet univers fantastique suite à un sort de « transfert forcé ». Akira, Chisame, Natsumi et les autres ne sont pas au bout de leur surprise, de nombreux dangers les attendent sur la route qui les mènera à Megalomesembria, la capitale magique...

Lumières ou ténèbres ? Le choix qui s'offre à Negi n'est pas sans conséquence, tandis qu'il cherche à tout prix un moyen de vaincre le terrible Fate. Quoi qu'il en soit, l'épreuve qui l'attend sera des plus terribles... Pendant ce temps, les élèves de la 3-A, dispersées dans le monde magique se découvrent toutes différents talents. Yue, en particulier, fait des progrès fulgurants... alors même qu'elle a perdu la mémoire !

Après avoir refusé la proposition de Fate, Negi et ses élèves se retrouvent confrontés à son équipe, et les combats s’enchaînent ! Mais grâce à Nodoka, ils découvrent enfin le véritable projet de cette organisation. Jack Rakan va alors leur dévoiler un pan de son passé : sa rencontre avec Nagi et leur première bataille contre Fate... Motivées par ce récit, les élèves décident de toutes posséder une carte de pactio pour lutter aux cotés de leur professeur, qui s’apprête à affronter un adversaire de taille lors de la finale du tournoi...

Le combat final du grand tournoi bat son plein ! Jack Rakan et Kagetarô font face au duo Negi-Kojirô, dans un combat qui fait littéralement trembler les murs de l'arène. Le mercenaire invincible saura-t-il se montrer à la hauteur de sa réputation ? Et Negi, trouvera-t-il en lui les ressources nécessaires pour affronter ce monstre de puissance ? Acculé, le fils du Thousand Master semble en tout cas, et plus que jamais, capable de véritables prodiges...

Le gouverneur Gödel, prêt à dévoiler les secrets du monde magique, invite Negi et ses élèves au bal. C’est l’occasion pour le jeune garçon d’apprendre la vérité sur ses parents et son passé. Mais avant de le rencontrer, Negi et Kotarô doivent rapidement conclure des pactios avec certaines élèves, pourtant réticentes à l’idée d’embrasser sur la bouche leur professeur ! Pendant ce temps, Jack Ragan et Fate Averruncus s’affrontent à l’abri des regards...

Alors que Negi en apprend encore d’avantage sur ses parents et sort victorieux de son combat contre le gouverneur, les membres du « Monde Parfait » surgissent et s’en prennent aux habitants du monde magique ! À l’aide d’un mystérieux pouvoir, ils font littéralement disparaître tous ceux qui s’opposent à eux ! De retour auprès d’Asuka, Fate lui dévoile ses terribles intentions... Pendant ce temps, Evangeline enseigne à Negi comment contrôler les effets de la Magie des Ténèbres, malgré les importants risques qu’encoure le jeune professeur...

Après une entrée fracassante dans la base secrète de l’ennemi, Negi et son groupe retrouvent Zazie, la plus mystérieuse élève de la 3-A. Grâce à elle, le jeune professeur va alors découvrir à quoi ressemble ce fameux « Monde Parfait »... Mais le temps presse avant la réécriture du Monde Magique, et les combats s’enchaînent, contre des ennemis de plus en plus redoutables ! Negi et ses amis seront-ils à la hauteur ?

Negi, qui a fait sienne la magie des ténèbres, affronte Fate d’égal à égal, dans un combat qui prendra une tournure inattendue. Mais pendant ce temps, le Monde Magique se désintègre, et toute la magie libérée finit par lier les deux mondes ensemble ! Les élèves de Mahora s’organisent alors pour défendre le campus, d’une bien drôle de manière...

Après avoir survécu à de terribles combats au sein du Monde Magique, Negi et ses élèves sont de retour à Mahora ! Sans prendre le temps de se reposer, le jeune professeur se lance déjà dans un nouveau projet : sauver le Monde Magique en rendant habitable la planète Mars. Mais le succès de cette opération implique un lourd prix à payer... En attendant, les élèves de la 3-A cherchent à percer le secret de Negi : qui est sa favorite ?!