Dans la guilde de tueurs Tanatos, les membres sont tous numérotés, en particuliers les dix meilleurs que l'on appelle des Numbers. Toneriko, le N°5, décide de tout faire pour changer de vie et vise pour cela la première place, tous crocs sortis...

Sakura, le numéro 4 de Tanatos, a décidé de se venger de Toneriko. Pour cela, il utilise Mizuto, le meilleur ami de celui-ci. Mais Sakura est influencer par Araragi, le numéro 3. Le but final de ce dernier semble être d'éliminer un des deux autres numéros, mais lequel ?

La guilde Tanatos est en deuil, un des Number est mort. Mais la guilde n'est pas au bout de ses surprises ! D'autres assassins professionnels les prennent pour cibles. Le nom de leur groupe est Honeybee et il semblerait que ses membres soient d'anciens Numbers, mais Agéha refuse d'expliquer les raisons de cette situation à Toneriko.

Alors que la situation devient de plus en plus chaotique au sein de Tanatos, suite aux actions de Honeybee mais aussi de Tekirai, Mizuto, le meilleur ami de Tonerico, dévoile sa vraie nature. Le petit jardinier est bien moins faible qu'il n'y paraît.

Entre les "Abeilles" et les "Number", rien ne va plus, et les combats s'enchainent. Leurrer par un papillon d'Ageha, l'un d'eux s'est précipité vers Tonerico, qui l'attendait pour l'éliminer. Toutefois, le combat semble bien inégal, jusqu'à l'arrivé de Kuchinashi, le numéro 2.

Désormais, une chose est sûr pour les Number : il n'y aura qu'un survivant ! Mais les morts se sont déjà accumulés, et il ne sont plus très nombreux. Parmi les rares survivants, Tonerico est une proie de choix, pour qui veut gagner sa place auprès d'Yggdrasil, mais le jeune assassin n'a pas dit son dernier mot !

Alors que les derniers combats se jouent, Ageha dévoile sa vrai nature, choquant Tonerico. Mais ce dernier n'est pas au bout de ses surprises, et il se pourrait bien, qu'au final, il soit secouru par un être inattendu.