Alors que rien ne devait se passer durant les 500 ans suivants le dernier Shaman Fight, auquel Yoh et ses amis ont participé, un désaccord entre les dieux déclenche un nouvel affrontement entre les shamans à l'issue duquel la forme de ce monde risque de changer. Hana, le fils de Yoh et Anna, est choisi pour devenir le leader de la « Team Hao », l'équipe représentant le dieu Hao en ce bas-monde. Mais avant même d'entrer dans le tournoi, il devra surmonter une épreuve inattendue et beaucoup plus périlleuse qu'il n'y paraît...

Une jeune fille mystérieuse débarque, prétendant être la fiancée de Hana... il y a comme un air de déjà vu ! Mais que lui veut-elle au juste ? Aussi, l'arrivée de nouveaux élèves dans la classe du garçon semble être pour lui l'occasion de se faire enfin des amis... Mais ces rencontres s'accompagnent de révélations auxquelles il n'est pas préparé !

L'affrontement entre Hana et Luca, héritière de la branche déchue des Asakura, bat son plein ! Contraint à lutter sans Amidamaru, le jeune garçon se retrouve en mauvaise posture... Seul et poussé dans ses derniers retranchements, comment Hana va-t-il pouvoir s'en sortir ?!

À peine remis de son dernier affrontement, Hana doit déjà faire face à un nouvel ennemi. Acculé, il n'a pas d'autre choix que de se servir de son pouvoir, malgré les risques qui l'accompagnent... Pendant ce temps, des rassemblements se forment : il faut se tenir prêt, le Flower of Maize approche...!

Il semblerait que Hana n'ait pas survécu à son affrontement contre l'impitoyable Men Tao... Son âme se retrouve donc désormais dans le Great Spirit où il rencontre Hao. Ce dernier lui propose un marché pour le moins surprenant : Hao accepte de le ressusciter à condition que Hana parvienne à vaincre... son père, Yoh ?! Mais avant de pouvoir lui faire face, le jeune garçon doit explorer les profondeurs de son propre esprit, et les obstacles s'avèrent plus nombreux que prévu...

Prisonnier des profondeurs de son âme, Hana cherche toujours à comprendre les raisons de sa présence dans ce mystérieux monde des morts. Le jeune garçon croise la route de Sakurai, le fameux « Death Zero » dont le destin semble étroitement lié au sien. Cependant, l'exploration du monde des morts ne sera pas de tout repos pour Hana : accompagné de l'énigmatique Yavis, Yôsuke Kamogawa, qui semble détenir une puissance effrayante et sans limite, n'est jamais bien loin...