Nous sommes en 2049, Tokyo est devenue la ville la plus dangereuse au monde. La criminalité dans les quartiers a engendré la résurgence de combattants de l'ombre : les Shinobi ! L'un d'entres eux, Jin, sauve un garçon du nom de Enh, qui possède un objet de grande valeur extrêmement convoité. Afin de le protéger, Jin décide de l'intégrer dans son squad de combattants d'élites. En sera-t-il de taille pour relever les missions les plus périlleuses de Jin et ses hommes ?

Le clan Narumi a été mandaté pour assurer la protection d'une jeune mannequin, Maki Mizuno. La jeune femme est la cible de la Morning Agency, qui a engagé l'OEil bleu, une terrible escouade d'assassins, afin de la neutraliser. Son chef, Hyôsui Nagumo, surnommé le Bourreau de Glace , ne tarde d'ailleurs à envoyer ses assassins face à Jin et Papillon ! Le choc opposant le clan Narumi à l'OEil bleu risque d'avoir un énorme retentissement dans le monde des shinobi...

Afin d'accéder au rang supérieur, le clan Narumi doit passer la terrible épreuve du Syndicat des Shinobi : récupérer une arme chimique et son code d'activation, volés par des malfrats. Jin et Enh, qui ont accepté de s'allier avec la bande d'Oniwa, doivent se rendre au coeur du quartier d'Orochi, surnommé le Domaine de la Mort . Pour mener à bien à leur mission, il leur faudra sortir vivants de ce coupe-gorge totalement abandonné par l'État et sous la coupe du Cardinal ...