Il y a 36 ans, une épaisse végétation a brusquement envahi Tokyo, donnant naissance à des fleurs- parasites mortelles appelées “jinka”. Ces plantes monstrueuses contaminent les êtres humains grâce à leur pollen, puis se nourrissent d’eux avant de fleurir, condamnant alors leur hôte. Au cœur de la capitale nippone devenue un enfer végétal, deux orphelins, Kingo et Kayano, tentent de survivre jour après jour… Mais leur quotidien bascule lorsque la Force Funéraire Florale, dont la mission est d’éradiquer les jinka, découvre que Kayano est porteuse d’un de ces redoutables parasites… Pour Kingo, qui a juré de remuer ciel et terre pour que sa sœur adoptive redevienne humaine, un terrible combat commence !

Kingo a appris de Makino, un scientifique de la Force Funéraire Florale, que le jinka et l’esprit de sa soeur vivent désormais en lui. Dans l’espoir de lui redonner forme humaine, le jeune homme décide alors d’atteindre la zone impénétrable où se trouve “Mother Jinka”, cette fleur qui serait à l’origine du fléau… Mais une combattante de l’Unité Spéciale de la FFF, attirée par le pollen particulier du jinka de Kayano, ne tarde pas à lui barrer la route ! Seule la preuve qu’il ne représente pas une menace pourra sauver Kingo de l’extermination, mais il devra pour cela dompter la colère de sa soeur…

Kingo a rejoint la 7e section de l’unité spéciale de la FFF mais il doit désormais prouver qu’il contrôle parfaitement son jinka s’il veut être officiellement intégré comme élève-officier. Agissant sur les ordres de Hikishima, le chef de section, Ayari et lui se retrouvent en mission conjointe face à un monstre végétal à l’esprit tortueux. L’affrontement psychologique est difficile, mais les deux jeunes combattants parviennent néanmoins à éliminer leur cible grâce à leurs jinka respectifs. De retour au Q.G., ils retrouvent le corps affreusement mutilé de Makino, visiblement tué par Hikishima… Que s’est-il passé entre les deux hommes ?! 

Désormais intégré à la 7e section, Kingo apprend que les Jinka ont été créés en secret par une mystérieuse organisation appelée “le Lys Noir”, dont certains membres seraient cachés au sein même de la FFF ! De plus, l’hypothèse du chef Hikishima est que ces ennemis de l’ombre considèrent Kayano comme une anomalie à éradiquer. Déterminé à les arrêter et à sauver sa sœur, Kingo n’a d’autre choix que de se soumettre aux terribles épreuves de sélection de l’Unité Spéciale pour devenir plus puissant !

Kingo et Ayari comptent parmi les rares rescapés de la première épreuve de sélection. Mais pour être officiellement admis comme membres de l'Unité Spéciale, ils vont devoir survivre à une deuxième épreuve encore plus implacable. Les jinka auxquels ils sont cette fois-ci confrontés ne sont pas mécanisés, mais à la nombreux et surpuissants. De plus, alors qu'ils tentent d'en abattre un maximum aux côtés des autres candidats, un étrange malaise les envahit face à ces adversaires. La terrible vérité ne tarde pas à éclater : leurs ennemis ne sont autres que des vétérans de l’Unité Spéciale, irrémédiablement rongés par leur parasite floral…