Yaiba Kurogane est élevé par son père selon les codes du samouraï, dans la jungle ! Suite à un malheureux incident, ces derniers sont envoyés au Japon pour vivre auprès de l'ancien rival du paternel, lequel vit seul avec sa fille unique, Sayaka. Yaiba va alors défier de nombreux adversaires dès le collège pour imposer son style de combat.

Yaiba est devenu le maître de Raijinken, sabre divin de foudre, mais son pouvoir est une menace pour Onimaru qui compte bien s'en emparer... Pour ce faire, les huit démons d'Onimaru se lancent à la poursuite de Yaiba et ses amis... Mais grâce à sa nouvelle technique ''le sabre tourbillon'', Yaiba a terrassé tous les ennemis qui se sont présentés !!

Le célèbre samouraï de légende, Kojiro Sasaki, ressurgit d'entre les morts !! Et face à son sabre, la perche divine... Yaiba s'est retrouvé impuissant même grâce à sa technique du sabre tourbillon. N'ayant d'autre choix que d'avoir recours au pouvoir de Raijin, Yaiba réalise qu'il doit devenir plus fort s'il ne veut plus se laisser consumer... Le combat final contre Onimaru est proche !!

Que se passe-t-il à la fin ?! Non seulement le château d'Onimaru s'est envolé dans le ciel, mais en plus il s'est emparé de l'orbe de Raijin !! Afin de le récupérer et d'atteindre cette forteresse volante, Yaiba et ses compagnons doivent partir à la recherche de l'orbe légendaire de Ryujin, le Dieu Dragon !!