Le turbulent et bagarreur élève qu'est Yûsuke Urameshi meurt accidentellement en voulant sauver un petit garçon. Parce qu'il n'était pas prévu qu'il trépasse si tôt, son âme erre sur terre. Il apprend ainsi qu'il pourrait regagner son enveloppe charnelle s'il faisait preuve de bonne volonté et d'altruisme. Ainsi doit-il venir en aide aux âmes en peine de la terre.

Yûsuke poursuit son apprentissage au sauvetage. Mais les choses se compliquent car pour pouvoir un jour regagner son enveloppe charnelle, celle-ci ne doit subir aucun dommage. Il s'en faut d'ailleurs de peu qu'elle finisse réduite en cendres dans l'incendie de sa maison. L'intervention de Keiko, son amie d'enfance, est salvatrice. Les choses se précipitent : Yûsuke est autorisé à ressusciter mais il faut que quelqu'un croit cette résurrection possible et l'embrasse. Merci Keiko !

A la surprise générale, et particulièrement celle de Kuwabara son éternel rival, Yûsuke revient à la vie. En contre partie, il doit désormais jouer les détectives pour le compte de l'au-delà. Sa première mission consiste à récupérer de précieux objets dérobés dans l'autre monde par trois renégats : Kurama, Hiei et Gôki. Pour accomplir ses missions, Yûsuke se voit doter de pouvoirs surnaturels tel que le Rei gun. C'est Hiei qui va lui poser le plus de problèmes en prenant Keiko en otage, mais finalement Yûsuke remplit sa mission.

Afin de développer ses aptitudes, Yûsuke est allé passer un examen auprès du maître Genkai dans les montagnes. Il y retrouve également Kuwabara qui possède des aptitudes extra sensorielles certaines. Le lauréat de l'examen deviendra l'élève de Genkai. Le problème est que, parmi les participants, se cachent Randô, un démon. S'il venait à acquérir les connaissances que transmet Genkai, le monde aurait du soucis à se faire. Il faut donc le démasquer et le vaincre. Kuwabara n'y parviendra pas, mais combinant chance et volonté, Yûsuke en vient à bout et devient ainsi l'élève de Genkai.

Le nombre de démons qui traînent sur terre semble en augmentation. La raison en est qu'une ouverture semble exister entre le monde terrestre et le Yôma, le monde où se réfugient les démons et autres créatures malfaisantes. Yûsuke et Kuwabara sont chargés d'aller enquêter sur place et de résoudre ce problème. Ils sont soutenus par Kurama et Hiei qui doivent quant à eux se racheter. Arrivés sur place, ils affrontent tour à tour des démons tous plus puissants les uns que les autres jusqu'à arriver face au maître des lieux et détenteur de la flûte maléfique, Suzaku. C'est cette flûte qui permet aux démons de s'infiltrer dans le corps des humains. Pour parvenir à ses fins, Suzaku a transformé le lycée de Yûsuke en repaire de zombies qui en ont tous après Keiko !

Tout s'est finalement bien terminé et c'est déjà une nouvelle mission qui est confiée à Yûsuke et Kuwabara : Yukina est une jeune fille retenue prisonnière par un riche malfaiteur car ses larmes apportent fortune à qui les ramasse. Il se trouve que Yukina est aussi la soeur de Hiei. Les deux compagnons passent les gardiens les uns après les autres et finissent par la libérer. Dans leur périple, ils se sont retrouvés face à Toguro qu'ils ont vaincu avec grande peine. De retour au lycée, ce dernier revient et contraint Yûsuke à participer à un tournoi par équipe dans lequel s'affronte les monstres du Meikai. Après avoir suivi un nouvel entraînement auprès de Genkai, Yûsuke retrouve Kuwabara, Kurama et Hiei. Kuwabara ouvre le bal

Kuwabara perd le premier match, mais ses trois partenaires gagnent les suivants : ce qui amène l'équipe de Yûsuke au deuxième tour face à l'équipe du docteur Ichigaki.

Yûsuke et son équipe parviennent enfin à retourner la situation à leur avantage et parviennent à éliminer l'équipe du professeur Itchigaki, tout en sauvant les combattant qu'il avait manipulé. La manche suivante, qui va les opposer à l'équipe Mashotsukaï, commence directement après... Pas le temps de souffler pour nos héros !

Alors qu'il avait vaincu son adversaire, Yûsuke est déclaré vaincu pour vice de forme de l'arbitrage. Kuwabara pourtant en petite forme après son premier combat, enchaîne le combat suivant pour empêcher Hiei d'intervenir et de disqualifier tout le monde. Il gagne son duel. L'oeuf dont Koenma avait parlé à Yûsuke a fini par éclore : c'est un joli petit animal de compagnie... Le tournoi se poursuit. Il ne reste plus que 4 équipes et le prochain adversaire est l'équipe Uraotogi. Hiei ouvre les hostilités.

Parallèlement au combat que mènent ses compagnons, Yûsuke suit un entraînement spécial avec Genkai. Pour permettre à Yûsuke de récupérer de ses efforts, Genkai se joint à son équipe et les mène à la victoire. De son côté, l'équipe de Toguro se qualifie facilement. On assiste aux retrouvailles entre Toguro et Genkai qui ne ressort pas indemne de cette rencontre.

Chaque membre de l'équipe de Yûsuke se prépare à sa manière à affronter les prochains adversaires, de loin les plus inquiétants. Le premier combat voit la victoire Kurama sur Karasu, mais sur décision de l'arbitre, en raison d'un décompte défavorable, celle-ci n'est pas validée et l'équipe de Yûsuke enregistre une défaite. Hiei est opposé à Bui et cette fois, sa victoire est incontestable. Kuwabara doit maintenant se battre contre l'aîné des frères Toguro.

A l'annonce de la mort de Genkai, Kuwabara développe une énorme colère qui l'amène à prendre le dessus définitivement sur son adversaire. Deux victoires à une pour l'équipe de Yûsuke. Arrive enfin le match décisif contre le deuxième frère Toguro. L'heure de la revanche a sonné. La lutte est âpre.

Yûsuke parvient finalement à vaincre au prix d'efforts considérables. Tous retournent dans leur monde après que Sakyô ait détruit volontairement, comme il l'avait annoncé, l'île sur laquelle se déroulait le tournoi. Mais la conséquence en est qu'un tunnel du Makai s'est agrandi et que le monde des humains cède à la panique. La bande Yûsuke est alors chargée de se rendre à Mushiyori ! Le mal se propage et ils doivent donner le meilleur d'eux-mêmes pour essayer de le stopper. Il ne reste plus qu'une semaine avant que le tunnel ne s'agrandisse irrémédiablement...

Le responsable de tous les troubles s'appelle en fait Sansui et c'est un ancien détective de l'au-delà ! Il avait disparu depuis 10 ans. Le temps s'amenuise puisqu'il ne reste plus que 2 jours avant l'ouverture totale du tunnel. Sansui et Yûsuke sont face à face...

Le temps presse. Le combat se fait sur tous les fronts entre les détectives renégats et la bande de Yûsuke. Sur leur route, ils retrouvent un vieil ennemi : l'aîné des frères Toguro, mais Kuruma lui règle son affaire.

Yûsuke est enfin face à Sansui et c'est un « man to man » qui s'engage. Malgré tous ses efforts il ne parvient pas à vaincre assez rapidement Sansui pour empêcher la première porte du Makai de s'ouvrir. Yûsuke est à bout. Ses compagnons donnent le meilleur d'eux-mêmes sans succès face à Sansui. Interviennent alors les membres de l'armée du Reikai qui réaniment Yûsuke.

Yûsuke est un autre homme et vient finalement à bout de Sansui. La paix est revenue dans le monde des humains, mais pas dans le coeur de Yûsuke : c'est le temps de l'hésitation et du choix qui va prendre conseil auprès de de Kuroko Sada, détective de l'au-delà de la première époque. Il apprend alors que son vrai père, Raizen, vit dans le Makai et qu'accompagné de ses deux compagnons Mukuro et Yomi, il pourrait briser l'équilibre des deux mondes. Il part donc à la rencontre de son père.

Yusuke, Kurama et Hiei poursuivent chacun de leur côté leur entrainement. Bientôt, il faudra s'affronter pour le contrôle du monde des Ténèbres...

Les combats se suivent et ne se ressemblent pas. Le dénouement est inattendu et nos héros reprennent une vie « normale » sur terre...