Tokidoki est un lycéen plutôt nonchalant qui, pour combler ses lacunes en Histoire, est gentiment envoyé dans un musée. Mais ce musée est d'un genre nouveau : il propose une véritable immersion virtuelle dans le Japon de l'ère Edo au moyen d'un dispositif de lunettes révolutionnaire. Facétie du programme ou simple bug, le jeune homme se retrouve nez à nez avec un être étranger chevauchant un animal monstrueux tout droit sorti du bestiaire folklorique japonais. Tout tourne à l'horreur lorsque Tokidoki, blessé à l'oeil gauche par la bête féroce, se retrouve prisonnier du Japon du XIXe siècle alors que ses lunettes gisent sur le sol, brisées...

Suite à sa rencontre avec l'énigmatique Bonten, Tokidoki s'éveille dans le sanctuaire Sakagami, siège des chasseurs de yôkai. Ses amis et lui sont amicalement accueillis par Shinshu, la jeune soeur de la mystérieuse princesse, mais les défenseurs du sanctuaire, plus méfiants, s'en prennent à eux. Confrontés à leurs démons, les trois voyageurs ne doivent leur salut qu'à l'intervention de la maîtresse des lieux... Parallèlement , des journalistes poursuivent leurs recherches sur le fantomatique Midori Sensai.

Tokidoki, l'être sans destin, et ses compagnons font route pour Nihonbashi pour lever la malédiction de la princesse Ginshu. Mais Tsuyukusa, le mystérieux yôkai dont les intentions

Tsuyukusa, Tokidoki, Shamon, Bonten... Tous convergent vers le lieu où sévit l'esprit vengeur du yôkai de Nihonbashi. Celui-ci continuera sa traque tant qu'il n'aura pas débusqué tous les humains responsables de la disparition de son arbre sacré bienfaiteur. Mais apaiser les lamentations de ce renard ne sera pas chose facile, d'autant que Yakô, ou plutôt Kokuten, est mêlé à ces événements mystiques.

Ginshu s'est attirée les foudres du Teiten qui l'a plongée dans les ténèbres pour rébellion. À ce moment précis, des réminiscences assaillent la prêtresse et la renvoient à une époque où elle n'était pas encore maudite. En tant que himemiko, Ginshu protégeait son prochain des esprits malfaisants et coulait des jours paisibles avec sa petite soeur. Jusqu'au jour de sa rencontre avec un tout jeune yôkai ailé qui devait un jour prendre le nom de Bonten ...

Dans le monde réel, suite à la découverte du dossier médical de Suô Kuwata, Hashita reprend contact avec Toki. Ensemble, ils évoquent le passé, et plus particulièrement sa rencontre avec Suô, sa vie à ses côtés et l'annonce officielle de sa mort. Toki parvient à fournir à l'ancien policier qu'est Hashita, un nouvel élément pour son enquête en la personne de Chitose. Dans le monde d'Amatsuki, malgré les révélations de Bonten, et la pression qu'elles font peser sur Toki, ce dernier refuse de choisir son camp. C'est alors qu'un mystérieux yôkai prétendant appartenir à Kuchiha fait son apparition...

La confrontation entre  Ginshu et  le tout-puissant Teiten  a profondément modifié le monde d'Amatsuki à l'insu de ses propres habitants. C'est ce que Tokidoki va réaliser amèrement à son retour au sanctuaire des chasseurs de  yôkai... Il y retrouve avec soulagement Kon, sain et sauf, mais constate avec horreur que celui-ci a tout oublié de  leur amitié  et du monde duquel il vient.  En effet,  le clairvoyant  Bonten  révèle à un  Tokidoki  médusé que,  pour arrêter Ginshu dans sa folie destructrice, le Teiten a réinitialisé Amatsuki en réécrivant les existences prisonnières de la toile céleste... 

Dans cette nouvelle version du monde d'Amatsuki, Tokidoki n'a que peu de repères auxquels se raccrocher... à l'exception de Tsuru-ume qui semble se souvenir de la Ginshu d'avant l'intervention du Teiten. Mais suite à cette réécriture de la Toile Céleste, Tokidoki reçoit des visions du passé. Ainsi, il se retrouve plongé dans les souvenirs de la princesse-prêtresse et revit sa rencontre avec Byakuroku, le mystérieux maître de l'Amaza à l'apparence reptilienne destiné à la maudire...

Dans le monde réel, l'enquête autour de Suô Kuwata mène l'équipe sur la piste de la Sensaï. Corp. et plus spécifiquement en direction de l'exposition sur l'ère Edo. Ils découvrent alors que les lunettes à réalité augmentée offertes aux visiteurs ne sont pas sans rappeler leur interface cerveau-ordinateur. S'ils utilisent cet appareil pour collecter des échantillons d'ondes cérébrales, le seul moyen de découvrir à quelles fins serait qu'Hashita et ses collègues infiltrent l'exposition... De son côté, Toki, lors d'un songe étrange, partage une dernière conversation avec Ginshu...

Après avoir entendu le récit de Hizame, Tokidoki entrevoit la possibilité d'unir les forces et de rassembler les yôkai et les humains afin de combattre le Teiten. Cependant, ils se retrouvent rapidement en mauvaise posture lorsque qu'ils doivent affronter Yakô qui manipule les êtres qui leur sont chers... Mais c'est sans compter l'arrivée de Kuchiha et Kon !

Yôkai et humains unissent maintenant leurs forces contre Yakô. Rejoint par Kon et Kuchiha, Tokidoki parvient à sauver le shogun et Shinshu des griffes du monstre nue, mais leur retrouvaille sera de courte durée... Dans le monde réel, les enquêtes concernant la Sensai corporation finissent par mettre à jour un terrible projet, mené par une personne bien connue de Hashita... Puis arrive le moment fatidique, où Tokidoki est amené à visiter l'exposition du grand Edo... la boucle est enfin bouclée !

Avec le réveil de Bonten, tous les alliés se trouvent maintenant réunis autour de Toki. De discussions en entrainements, chacun semble réaliser sa place en ce monde et tente d'entrevoir la voie à suivre, en vue de la bataille décisive.

Le shogun Iemochi a disparu dans un brouillard noir. Tokidoki, accompagné de Kon, la troupe des onmyô et l'Amaza, se dirige vers la porte de l'enfer... Quand la réalité s'infiltre dans l'Amatsuki...

La véritable enveloppe de Tsuyukusa est rongée par la brume noire. Pour le retenir en ce monde, Tokidoki devra faire appel à son pouvoir d'être immaculé... L'Amatsuki et l'Autre Rive, seraient-elles les deux facettes d'un même monde ?

Tokidoki et ses compagnons se perdent dans le village natal de Kuchiha et y rencontrent un garçon appelé Senkichi. Ce dernier souhaite retrouver sa liberté en oubliant la destinée tragique qui le lie au inugami...

Perdu en forêt, Kon est brutalement confronté à son double. Entre réalité, souvenirs et conscience de soi, le camarade de route de Tokidoki peine à retrouver le sens de son existence... L'être immaculé soupçonne que quelque chose se trame dans l'esprit de son ami, sans bien comprendre quoi, ni soupçonner le moindre danger. Car, avant toute chose, Tokidoki et ses amis doivent absolument quitter la forêt pour retrouver Tsuyukusa et les autres.

Après avoir sauvé Kuchiha, Tokidoki et Utsubushi se retrouvent face à Lili. Mais, loin d'être heureuse de retrouver son père adoptif, cette dernière attaque les deux hommes sous sa forme de Shinshu ! En tentant de lui échapper, Tokidoki pense comprendre l'origine de son étrange comportement. C'est alors que lui et Utsubushi chutent dans un étrange gouffre, qui semblerait les conduire dans le Higan...

Après avoir sauvé Kuchiha, Tokidoki et Utsubushi se retrouvent face à Lili. Mais, loin d’être heureuse de retrouver son père adoptif, cette dernière attaque les deux hommes sous sa forme de Shinshu ! En tentant de lui échapper, Tokidoki pense comprendre l’origine de son étrange comportement. C’est alors que lui et Utsubushi chutent dans un étrange gouffre, qui semblerait les conduire dans le Higan…

Pris au piège dans le Higan, Tokidoki et ses compagnons n’ont d’autre choix que d’affronter les trois grands yôkai imposés par Nurarihyon. Alors que la situation semble désespérée, Susutake pourrait bien avoir trouvé une solution pour vaincre Ushioni… De son côté, Kuchiha doit apprendre à maîtriser la malédiction de l’inugami !

Bonten vient à peine de dévoiler à Tokidoki et Hashita la raison de sa nature de tengu dans l'Amatsuki que l'impitoyable Teiten s'abat sur lui ! Mais tout n'est pas perdu pour le jeune homme, puisque son véritable corps, serait toujours en vie dans le monde réel ! À la lumière de ces découvertes, Tokidoki confronte enfin Shinonome et le pousse à révéler ses véritables intentions...