Dans la ville de Mikado, un portail ouvert sur une dimension parallèle laisse s'introduire de dangereuses créatures surnommées les Neighbors . Engagés pour protéger les habitants, les membres de l'organisation de défense Border les repoussent à l'aide de mystérieuses armes surpuissantes appelées "Triggers . Osamu Mikumo, un collégien membre de cette organisation, rencontre Yûma Kuga, un étrange nouvel élève qu'il va bientôt prendre sous son aile. Ce qu'il ignore, c'est que son protégé est originaire de la dimension parallèle, et qu'il manie son "trigger" mieux que quiconque...

Un Neighbor de type inconnu a fait son apparition en dehors de la zone de sécurité. Kitora, agent de classe A de l'organisation de défense "Border", tente de le contenir mais elle a bien du mal à venir à bout de cet adversaire dont elle ne sait rien.À la demande d'Osamu, convoqué au Quartier Général des forces de défense où une rencontre inattendue l'attend, Yûma va tenter de lui venir en aide...

Le commandant en chef du Border a donné l'ordre à Jin de capturer Yûma, le Black Trigger . Jouant avec la hiérarchie, celui-ci décide d'exécuter cette mission à sa manière et, se rapprochant de sa cible, découvre le passé du jeune Neighbor et les raisons qui l'ont poussé à venir dans notre monde...

Alors qu'Osamu et Yûma poursuivent leur entraînement, le combat s'engage entre les agents de la Tamakoma, aidés de l'unité Miwa, et ceux de la branche centrale. Face à son ancien rival, Jin se voit contraint d'utiliser Fûjin, son Black Trigger. La tension monte entre les deux factions et une bataille au sommet s'annonce...

L'agent Kazama, capitaine de l'unité éponyme de classe A, rang 3, défie Osamu lors d'une simulation de combat. L'écart de niveau est considérable, mais le pouvoir de réflexion de la jeune recrue de la Tamakoma pourrait bien permettre à ce dernier de le gommer... De leur côté, Yûma et Chika font eux aussi parler d'eux : à l'évidence, leur potentiel dépasse de loin celui de leurs nouveaux camarades...

Des portails s'ouvrent de toutes parts dans le ciel de Mikado... l'invasion tant redoutée a commencé ! Osamu et tous les agents de classe A et B sont mobilisés pour anéantir les Neighbors qui pullulent dans les rues de la ville. Mais alors qu'ils prennent le dessus sur les soldats-trions, un redoutable modèle jusqu'alors inconnu fait son apparition !

L'équipe 1 de la branche Tamakoma, unité la plus puissante du Border, entre en scène... et ne fait qu'une bouchée des soldats-trions nouveau modèle tant redoutés ! Mais à peine cette menace écartée, de nouveaux portails s'ouvrent, libérant d'étranges Neighbors cornus d'apparence humanoïde dans le ciel de Mikado... le véritable combat ne fait que commencer !!

Enedra, Neighbor humanoïde porteur d'un Black Trigger, parvient à infiltrer le coeur même du quartier général du Border, acculant les plus hauts dirigeants de l'organisation. De leur côté, Osamu et son groupe tentent tant bien que mal d'échapper aux envahisseurs qui cherchent à capturer Chika... Une seule mission unit désormais les agents : tout faire pour éviter le futur qu'a entrevu Jin !

Enedra continue à semer la panique au sein du quartier général du Border... seulement cette fois, c'est le plus puissant des manieurs de Triggers normaux, le commandant Shinoda, qui se charge de l'affronter ! Pendant ce temps, Osamu tente de fuir l'ennemi afin de mettre Chika en sécurité, mais les choses se corsent lorsque Moïra, la Neighbor aux cornes noires, débarque en renfort...

Osamu, prêt à tout pour protéger Chika cubifiée, n'est plus qu'à quelques pas du quartier général. Incapable de l'atteindre, il décide d'appliquer une stratégie inattendue qui va changer la donne et précipiter la fin des hostilités ! L'ennemi éloigné, le Border va devoir panser ses blessures, mais aussi rendre des comptes aux citoyens de Mikado... Pour calmer leur colère, Osamu s'engage à partir à la rescousse de ceux qui ont été enlevés. Mais pour ça, il lui faut d'abord monter en grade pour atteindre la classe A : les matchs de classement commencent, et le tournoi promet d'être endiablé !

Les matchs de classement du groupe B continuent. Après une victoire aisée contre des équipes de bas étage, les voilà confrontés à deux unités redoutables, spécialisées respectivement dans le tir à distance et dans le corps-à-corps. Pour les défaire, Osamu a mis au point une stratégie originale, censée leur sauver la mise au moment critique...

Un troisième match très serré pour la Tamakoma 2 ! Tandis que sur la rive Ouest, les trois attaquants Yûma, Murakami et Kumagai s'affrontent avec acharnement, à l'Est de la rivière se dessine peu à peu un duel de capitaines. Osamu, inévitablement le plus faible des trois, semble totalement dépassé par la puissance, l'agilité et l'expertise technique de la capitaine Nasu...

Osamu a pris conscience de son niveau et a décidé de suivre un entraînement spécial avant le quatrième match de la classe B. Il espère ainsi assumer pleinement son rôle de capitaine et être utile à son équipe. Mais une semaine avec ses aînés de la classe A suffira-t-elle pour progresser réellement ? Face aux deux unités les plus fortes de la classe B c'est l'heure de vérité qui approche !

Après la défaite de son équipe face aux meilleurs agents de la classe B, Osamu a proposé à Jin d'intégrer la Tamakoma 2 ! Chika, toujours incapable de tirer directement sur ses adversaires en plein combat, cherche de son côté une solution pour contourner ce problème. C'est alors que le commandant en chef du Border convoque une réunion d'urgence : une nouvelle vague de Neighbors s'apprête à déferler sur la ville de Mikado...

Le Border fait face à une nouvelle offensive des Neighbors, menée cette fois-ci par la petite nation de Galopoula !! Tous les membres d'élites du Border sont sur le pont pour empêcher ces vassaux d'Aftokrator d'atteindre le vaisseau du corps expéditionnaire. Malgré cela, après seulement quelques minutes d'assaut, les assaillants parviennent à pénétrer au coeur de la centrale !!

L'assaut mené par l'armée de Galopoula contre la Centrale du Border semble sur le point d'être repoussé. Hüs, qui a réussi à s'échapper dans des circonstances étranges, demande à Regi de l'aider à rejoindre Aftokrator, mais le jeune guerrier a reçu des consignes bien différentes. Quand Yôtarô entre à son tour en scène, le jeu de dupe prend un tour dramatique.

Yûma a été sérieusement touché par la contre-attaque de Kakizaki. Il est encore en état de combattre, mais perd ses trions à un rythme inquiétant. La Tamakoma 2 a-t-elle encore une chance de remporter cette manche ?! Si Osamu veut convaincre le Border de le laisser intégrer Hüs à son équipe, il va falloir accomplir un exploit. D'autant qu'une nouvelle complication l'attend à l'issue du match...

L'heure du 6e match de classement a sonné ! Pour la Tamakoma 2, l'enjeu de cette rencontre est de taille puisqu'une victoire la rapprocherait de son objectif d'intégrer le bataillon expéditionnaire ! Mais l'unité Öji démarre pied au plancher avec une offensive ciblée sur Osamu... La Tamakoma 2 pourra-t-elle encore une fois compter sur la stratégie qui a assuré sa dernière réussite ?

Tandis que la Tamakoma 2 se prépare au septième match de rang, deux vétérans sont de retour au bercail ! Quelle influence vont-ils exercer sur l'équipe d'Osamu ?! En parcourant sa nouvelle chambre au Q.G. de l'unité, ce dernier découvre une vieille photo sur laquelle posent des agents inconnus... L'occasion d'en découvrir plus sur le passé douloureux de la Tamakoma et les valeurs qu'elle défend depuis sa création.

Yûma et Hüs ont détruit l'audacieux stratagème de la Suzunari, qui consistait à aveugler leurs adversaires. Tandis que la tension monte dans le centre commercial, c'est le moment ou jamais pour l'arme secrète de la Tamakoma 2 de montrer l'étendue de ses talents ! Mais curieusement, Hüs choisit de ne pas utiliser son atout le plus évident : le viper... Qu'a-t-il derrière la tête ?!